Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка aroG_ECOLI | Q |
Соответствующий кодон в гене aroG | 5'-CAG-3' |
Идеальный антикодон | 5'-CUG-3' |
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка Q, если опираться на генетический код? | 2 |
Сколько разных тРНК для остатка Q аннотировано в геноме кишечной палочки? | 4 |
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК: | |
имя гена | glnW |
локализация гена в геноме | 695979..696053 |
распознаваемый кодон | CAR |
антикодон | UUG |
Результат поиска всех глутаминовых тРНК у Escherichia coli K-12: tRNA complement(695979..696053) FT /gene="glnW" FT /locus_tag="b0668" FT /product="tRNA-Gln" FT /anticodon=(pos:696019..696021,aa:Gln) FT /note="codons recognized: CAR; anticodon: UUG glutamine FT tRNA1; go_component: cytoplasm [goid 0005737]; go_process: FT tRNA metabolism [goid 0006399]" tRNA complement(696088..696162) FT /gene="glnU" FT /locus_tag="b0670" FT /product="tRNA-Gln" FT /anticodon=(pos:696128..696130,aa:Gln) FT /note="codons recognized: CAR; anticodon: UUG glutamine FT tRNA1; go_component: cytoplasm [goid 0005737]; go_process: FT tRNA metabolism [goid 0006399]" tRNA complement(695653..695727) FT /gene="glnX" FT /locus_tag="b0664" FT /product="tRNA-Gln" FT /anticodon=(pos:695693..695695,aa:Gln) FT /note="codon recognized: CAG; anticodon: CUG glutamine FT tRNA2; go_component: cytoplasm [goid 0005737]; go_process: FT tRNA metabolism [goid 0006399]" FT tRNA complement(695765..695839) FT /gene="glnV" FT /locus_tag="b0665" FT /product="tRNA-Gln" FT /anticodon=(pos:695805..695807,aa:Gln) FT /note="codon recognized: CAG; anticodon: CUG glutamine FT tRNA2; go_component: cytoplasm [goid 0005737]; go_process: FT tRNA metabolism [goid 0006399]" |
grep -n codon.*glutamine ecoli.embl > codon.txtВ файле codon.txt после выполнения команды была запись о результате поиска (4 глутаминовых т-РНК):
15971:FT /note="codon recognized: CAG; anticodon: CUG glutamine 15983:FT /note="codon recognized: CAG; anticodon: CUG glutamine 16008:FT /note="codons recognized: CAR; anticodon: UUG glutamine 16021:FT /note="codons recognized: CAR; anticodon: UUG glutamine
Программа | FASTA | BLASTN | MegaBLAST | discontiguous MegaBLAST |
Длина якоря | 6 | 11 | 28 | 11 |
Результаты поиска | 10 выравниваний | 13 выравниваний | ничего не найдено | 3 выравнивания |
Число находок с E-value < 0,01 | 0 | 3 | 2 | |
Характеристика лучшей находки: | ||||
E-value | 2.5 | 3e-06 | 3e-06 | |
длина выравнивания | 22 | 75 | 76 | |
вес выравнивания | 23.7 bits | 46.1 bits (23) | 46.1 bits (23) | |
координаты в геноме | 14118..14139 | 112794..112853 | 112853..112794 | |
Аннотация лучшей находки по записи EMBL: | ||||
имя гена | на этом участке генетической последовательности гены не обнаружены | trnS-Gln | trnS-Gln | |
это тРНК? | Нет | Да | Да | |
это тоже глутаминовая тРНК? | Нет | Да | Да | |
Команды для программ | fasta34 rna.fasta bs_genome.fasta 6 | blastall -p blastn -d bs -i rna.fasta -o bn | megablast -d bs -i rna.fasta -D 2 -o mb | megablast -d bs -i rna.fasta -D 2 -N 1 -W 12 -t 18 -o dmb |
Наиболее эффективными оказались программы blastn и discontoguous megablast. Эти программы нашли в геноме другого организма ген кодирующий глутаминовую тРНК. Худшие результаты показала программа megablast - из-за слишком длинного якоря найти не удалось вообще ничего. Fasta тоже не смогла привести поиск к значимым результатам.
Программа | FASTA | BLASTN | MegaBLAST | discontiguous MegaBLAST |
Число находок с E-value < 0,01 | 1 | 0 | ||
Характеристика лучшей находки: | ||||
E-value | 0.00024 | 5.8 | ||
номер сектора генома | 23 | 116 |   | |
AC соответствующей записи EMBL | AE010148 | AE010241 | ||
координаты выравнивания в записи EMBL | 5861-5930 | 2289..2304 | ||
Аннотация лучшей находки по записи EMBL: | ||||
5854..5930 tRNA-Arg | 2275..2350 tRNA-Asn | |||
Команды для программ | fasta35 rna.fasta pf_genome.fasta 6 | blastall -p blastn -d pf -i rna.fasta -o bn | megablast -d pf -i rna.fasta -D 2 -o mb | megablast -d pf -i rna.fasta -D 2 -N 1 -W 12 -t 18 -o dmb |
Судя по результатам, использованные программы не предназначены для поиска гомологичных последовательностей в геномах неродственных организмов. Вообще, с такой задачей лучше справляться не только с помощью программ, но и с помощью аналитического подхода.