A- и B-формы ДНК

Сравнение смоделированных A-формы и B-формы ДНК с естественной ДНК

	A-форма	B-форма	dna52.pdb	dna2.pdb
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	правая	правая
Шаг спирали (Å)	28,03	33,74	28,66	30,50
Число оснований на виток	11	10	11	11
Ширина большой бороздки	7,98	17,22	13,94	13,84
Ширина малой бороздки	16,81	11,69	14,30	16,76

Судя по данным из таблицы, исследуемые ДНК являются A-формой. Самым простым признаком отличия A-формы от B-формы является количество оснований на виток, т.к. их несложно посчитать. Кроме того, рассматривая модели этих ДНК в RasMol, видно, что это А-форма(если представить, что их раскрутили, а затем закручивать вокруг карандаша, то они примут ту же форму).

Программы find_pair и analyze

При изучении конформационно важных торсионых углов исследуемых ДНК было определено, что большинство значений близки к значениям соответствующих углов искусственной A-формы ДНК.

Также с помощью программы analyze было определено, что обе ДНК являются правозакрученными. Анализ динуклеотидов подтвердил, что это A-форма.

Программа pdb2img

С помощью программы были получены изображения в виде стопочных моделей структур

A-формы синтезированной ДНК
B-формы синтезированной ДНК
исследуемой ДНК (dna52.pdb)
исследуемой ДНК (dna2.pdb)