Главная страница третьего семестра

Исследование белок-нуклеиновых контактов 1gji

Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты

Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1gji
  Полярные Гидрофобные Всего
Контакты белка с ...      
... остатками 2'-дезоксирибозы 4 30 34
... остатками фосфорной кислоты 19 0 19
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 10 26 36
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 0 0
Гидрофобных контактов больше, чем полярных.

Поиск специфических контактов, обеспечивающих узнавание сайта в молекуле ДНК.

Предположительно, специфическими контактами являются полярные контакты белка с азотистыми основаниями. Наиболее интересным мне показался этот контакт:

Описание функций исследованного белка с помощью UniProt и Pfam

Функция белка REL_CHICK: протоонкоген, который может участвовать в дифференциации и образовании лимфоцитов. Rel homology domain (RHD) является основным в семье эукариотических транскрипционных факторов. Некоторые из них, возможно, формируют мультибелковые ДНК-связанные комплексы. RHD состоит из двух иммуноглобулиноподобных бета-цилиндрических субдомена, которые зажимают большую бороздку ДНК. Судя по множественному выравниванию, предаставленному в Pfam, выбранный аминокислотный остаток, предположительно, отвечающий за специфические контакты, не является консервативным, но на этой позиции он стоит в 13 последовательностях из 21 (в выравнивании найдено всего 8 консервативных остатков)

Построение схемы контактов белка с ДНК

Программа nucplot, предназначенная для визуализации контактов между ДНК и белком.

На рисунке отображены контакты белка с остатками фосфорной кислоты. Сразу становится понятно, какие контакты являются наиболее важными. По-видимому, на рисунке как раз отображен контакты ДНК с доменами, которые зажимают большую бороздку. Чтобы лучше изучить эти контакты, я сделала изображение одного из них в шарнирной модели с помощью RasMol. Несмотря на то, что остаток серина на 30 позиции очень важен, он не является консервативным.


©Надя Шашина