Главная страница третьего семестра
Исследование белок-нуклеиновых контактов 1gji
Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты
Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1gji
|
Полярные |
Гидрофобные |
Всего |
Контакты белка с ... |
|
|
|
... остатками 2'-дезоксирибозы |
4 |
30 |
34 |
... остатками фосфорной кислоты |
19 |
0 |
19 |
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
10 |
26 |
36 |
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
0 |
0 |
0 |
Гидрофобных контактов больше, чем полярных.
Поиск специфических контактов, обеспечивающих узнавание сайта в молекуле ДНК.
Предположительно, специфическими контактами являются полярные контакты белка с азотистыми основаниями. Наиболее интересным мне показался этот контакт:
Описание функций исследованного белка с помощью UniProt и Pfam
Функция белка REL_CHICK: протоонкоген, который может участвовать в дифференциации и образовании лимфоцитов.
Rel homology domain (RHD) является основным в семье эукариотических транскрипционных факторов. Некоторые из них, возможно, формируют мультибелковые ДНК-связанные комплексы. RHD состоит из двух иммуноглобулиноподобных бета-цилиндрических субдомена, которые зажимают большую бороздку ДНК.
Судя по множественному выравниванию, предаставленному в Pfam, выбранный аминокислотный остаток, предположительно, отвечающий за специфические контакты, не является консервативным, но на этой позиции он стоит в 13 последовательностях из 21 (в выравнивании найдено всего 8 консервативных остатков)
Построение схемы контактов белка с ДНК
Программа nucplot, предназначенная для визуализации контактов между ДНК и белком.
На рисунке отображены контакты белка с остатками фосфорной кислоты. Сразу становится понятно, какие контакты являются наиболее важными. По-видимому, на рисунке как раз отображен контакты ДНК с доменами, которые зажимают большую бороздку. Чтобы лучше изучить эти контакты, я сделала изображение одного из них в шарнирной модели с помощью RasMol. Несмотря на то, что остаток серина на 30 позиции очень важен, он не является консервативным.