######################################## # Program: needle # Rundate: Wed 19 Dec 2007 14:52:32 # Commandline: needle # [-asequence] j01591.fasta # [-bsequence] u00096.fasta # [-outfile] seq.needle # -auto # Align_format: srspair # Report_file: seq.needle ######################################## #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: J01591 # 2: U00096 # Matrix: EDNAFULL # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 1053 # Identity: 1053/1053 (100.0%) # Similarity: 1053/1053 (100.0%) # Gaps: 0/1053 ( 0.0%) # Score: 5265.0 # # #======================================= J01591 1 atgaattatcagaacgacgatttacgcatcaaagaaatcaaagagttact 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 1 atgaattatcagaacgacgatttacgcatcaaagaaatcaaagagttact 50 J01591 51 tcctcctgtcgcattgctggaaaaattccccgctactgaaaatgccgcga 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 51 tcctcctgtcgcattgctggaaaaattccccgctactgaaaatgccgcga 100 J01591 101 atacggttgcccatgcccgaaaagcgatccataagatcctgaaaggtaat 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 101 atacggttgcccatgcccgaaaagcgatccataagatcctgaaaggtaat 150 J01591 151 gatgatcgcctgttggttgtgattggcccatgctcaattcatgatcctgt 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 151 gatgatcgcctgttggttgtgattggcccatgctcaattcatgatcctgt 200 J01591 201 cgcggcaaaagagtatgccactcgcttgctggcgctgcgtgaagagctga 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 201 cgcggcaaaagagtatgccactcgcttgctggcgctgcgtgaagagctga 250 J01591 251 aagatgagctggaaatcgtaatgcgcgtctattttgaaaagccgcgtacc 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 251 aagatgagctggaaatcgtaatgcgcgtctattttgaaaagccgcgtacc 300 J01591 301 acggtgggctggaaagggctgattaacgatccgcatatggataatagctt 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 301 acggtgggctggaaagggctgattaacgatccgcatatggataatagctt 350 J01591 351 ccagatcaacgacggtctgcgtatagcccgtaaattgctgcttgatatta 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 351 ccagatcaacgacggtctgcgtatagcccgtaaattgctgcttgatatta 400 J01591 401 acgacagcggtctgccagcggcaggtgagtttctcgatatgatcacccca 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 401 acgacagcggtctgccagcggcaggtgagtttctcgatatgatcacccca 450 J01591 451 caatatctcgctgacctgatgagctggggcgcaattggcgcacgtaccac 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 451 caatatctcgctgacctgatgagctggggcgcaattggcgcacgtaccac 500 J01591 501 cgaatcgcaggtgcaccgcgaactggcatcagggctttcttgtccggtcg 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 501 cgaatcgcaggtgcaccgcgaactggcatcagggctttcttgtccggtcg 550 J01591 551 gcttcaaaaatggcaccgacggtacgattaaagtggctatcgatgccatt 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 551 gcttcaaaaatggcaccgacggtacgattaaagtggctatcgatgccatt 600 J01591 601 aatgccgccggtgcgccgcactgcttcctgtccgtaacgaaatgggggca 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 601 aatgccgccggtgcgccgcactgcttcctgtccgtaacgaaatgggggca 650 J01591 651 ttcggcgattgtgaataccagcggtaacggcgattgccatatcattctgc 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 651 ttcggcgattgtgaataccagcggtaacggcgattgccatatcattctgc 700 J01591 701 gcggcggtaaagagcctaactacagcgcgaagcacgttgctgaagtgaaa 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 701 gcggcggtaaagagcctaactacagcgcgaagcacgttgctgaagtgaaa 750 J01591 751 gaagggctgaacaaagcaggcctgccagcacaggtgatgatcgatttcag 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 751 gaagggctgaacaaagcaggcctgccagcacaggtgatgatcgatttcag 800 J01591 801 ccatgctaactcgtccaaacaattcaaaaagcagatggatgtttgtgctg 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 801 ccatgctaactcgtccaaacaattcaaaaagcagatggatgtttgtgctg 850 J01591 851 acgtttgccagcagattgccggtggcgaaaaggccattattggcgtgatg 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 851 acgtttgccagcagattgccggtggcgaaaaggccattattggcgtgatg 900 J01591 901 gtggaaagccatctggtggaaggcaatcagagcctcgagagcggggagcc 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 901 gtggaaagccatctggtggaaggcaatcagagcctcgagagcggggagcc 950 J01591 951 gctggcctacggtaagagcatcaccgatgcctgcatcggctgggaagata 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 951 gctggcctacggtaagagcatcaccgatgcctgcatcggctgggaagata 1000 J01591 1001 ccgatgctctgttacgtcaactggcgaatgcagtaaaagcgcgtcgcggg 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| U00096 1001 ccgatgctctgttacgtcaactggcgaatgcagtaaaagcgcgtcgcggg 1050 J01591 1051 taa 1053 ||| U00096 1051 taa 1053 #--------------------------------------- #---------------------------------------