Белок ADX55361.1 бактерии Burkholderia sp. CCGE 1001, являющийся гликозил-трансферазой первого семейства.
В приведенной ниже таблице (табл.1) представленны данные о водородных связях, полученные при помощи инструментов измерения, входящих в состав апплет JMoll. Все рассмотренные аминокислотные остатки находятся в цепи A. Анализируя значения углов и длин водородных связей в разных вторичных структурах можно заметить, что длина связи в основном попадает в пределы 2,8 - 3,0 , а угол — 150-165°. Верхний предел длины водородных связей в белках — 3,5 ангстрем, но из-за малости выборки близкие к пограничному значения наблюдать не удалось. Водородная связь достигает максимальной силы при угле N—O—C 180°, но из-за влияния боковых цепей аминокислот средний угол составляет около 155°.
| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
|---|---|---|---|
| № | Имена атомов | Длина связи (ангстрем) | Угол N-O-C (°) |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(104VAL)- O(100LYS) | 3,01 | 148,8 |
| 2 | N(105GLY)- O(101ALA) | 2,65 | 147,4 |
| 3 | N(102LEU)- O(98THR) | 2,84 | 157,9 |
| 4 | N(113ARG)- O(109SER) | 2,92 | 143,0 |
| 5 | N(111ILE)- O(107ILE) | 3,04 | 164,1 |
| 6 | N(109SER)- O(105GLY) | 2,62 | 146,0 |
| Бета-тяжи | |||
| 1 | N(7ASP)- O(33GLY) | 2,9 | 171,5 |
| 2 | N(5PHE)- O(31LEU) | 2,81 | 167,8 |
| 3 | N(33GLY)- O(5PHE) | 2,75 | 161,3 |
| 3 | N(31LEU)- O(3ILE) | 3,03 | 165,4 |
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре