Выравнивание 6 последовательностей белков семейства HSP70

Произведенное выравнивание представлено внизу и доступно по ссылке (предосторожность на случай некорректного отображения фрейма) Данные таблицы получены с помощью команды infoalign пакета emboss.

Название последовательности	Домен	Длина последовательности в выравнивании	Консервативные позиции	Консервативные позиции,%	Функционально консервативные позиции	Функционально консервативные позиции,%	Гэпы	Гэпы,%	Позиции консервативные на 70%	Позиции консервативные на 70%,%
DNAK_METMA	Археи	674	184	27.29	261	38.72	53	7.86	234	34.72
DNAK_HALSA	Археи	673	184	27.34	261	38.78	53	7.88	234	34.77
DNAK_NOCSJ	Бактерии	677	184	27.17	261	38.55	53	7.83	234	34.57
DNAK_METPB	Бактерии	677	184	27.17	261	38.55	53	7.83	234	34.57
HSP7A_DROME	Эукариоты	663	184	27.75	261	39.37	53	8.00	234	35.29
DNAK_CYAM1	Эукариоты	669	184	27.50	261	39.01	53	7.92	234	34.98

Для данного выравнивания было введено дополнительное поле "Разметка". В нем отмечались колонки в выравниваниях, которые обладали определенными свойствами, а именно: F - функционально консервативные участки, C - участки консервативные на 80 и более %, G - участки выравнивания содержащие гэпы. Как функционально консервативные отмечались участки, в которых содержатся аминокислоты с близкими свойсвами. Например, в первой такой колонке (17) содержатся аланин, цистеин и валин - это гидрофобные аминокислоты среднего размера. В18 колонке похожая ситуация. Там представлены крупные гидрофобные аминокислоты: валин, фенилаланин и изолейцин. В 28 колонке тоже присутствуют крупные гидрофобные аминокислоты валин и изолейцин.

Эволюция последовательностей белка.

Эксперимент проводился на последовательности свиного ангиогенина - фактора роста сосудов. В ходе запуска этого скрипта происходило восемь раундов мутации и образования новых последовательностей. Ниже приведен список первых десяти мутаций с начала последовательности.

1. В позиции 1 вставка фенилаланина от p4 к p5.
2. В позиции 2 замена лизина на аргинин от р0 к р1.
3. В позиции 5 вставка фенилаланина от p4 к p5.
4. В позиции 8 вставка гистидина от p7 к p8.
5. В позиции 14 вставка глицина от p2 к p3.
6. В позиции 14 замена глицина на цистеин от p5 к p6.
7. В позиции 16 замена глутамина на пролин от p6 к p7.
8. В позиции 17 делеция гистидина от р6 к р7.
9. В позиции 20 вставка глицина от р5 к р6.
10. В позиции 23 замена пролина на серин от р3 к р4.

Выравнивание, проведенное по алгоритмы muscle, отличалось от эволюционного, поскольку программа поставила два гэпа в четвертой и пятой последовательности не в том месте. Это не отражает эволюционной закономерности, поскольку там происходила делеция треонина и вставка серина, что некорректно отображено в изначальном выравнивании. Первоначальное выравнивание находится на этой подстранице, а исправленное - на этой.

Эволюция последовательностей ДНК

Эксперимент проводился на последовательности ангиогенина черной крысы. В ходе запуска этого скрипта происходило семь раундов мутации и образования новых последовательностей. Впоследствии они были транслированны в один файл и выравнены. Результаты этого выравнивания доступны по ссылке. Последовательность меняется так сильно, поскольку изменения нуклеотидов могут приводить к появлению стоп-кодонов и сдвигу рамку считывания для самых серьезных перестроек белка.

Все файлы выравниваний лежат в этом проекте.