Белок ADX55361.1 бактерии Burkholderia sp. CCGE 1001, являющийся гликозил-трансферазой первого семейства.
В приведенной ниже таблице (табл.1) представленны идентефикаторы этого белка и его структурные и химические характеристики. Вот ссылка на запись в базе данных.
Параметр | Значение |
Uniprot ID | E8YFS1_9BURK |
Uniprot AC | E8YFS1 |
Refseq ID | WP_013588580.1 |
PDB ID | Отсутствует |
Длина (аминокислотных остатков) | 439 |
Молекулярная масса (дальтон) | 46729 |
Рекомендуемое название | Нет, так как запись еще не проверялась куратором |
Таблица 1. Базовая информация о белке.
Существование данного белка предсказано на основе нахождения рамки считывания в геноме бактерии. В его структуре выделено два домена.
В приведенной ниже таблице (табл.2) представлена информация о включающих его кластерах.
Тип кластера | ID кластера | Имя кластера | Количество белков |
Uniprot 100 | UniRef100_E8YFS1 | Cluster: Glycosyl transferase group 1 | 1 |
Uniprot 90 | UniRef90_E8YFS1 | Cluster: Glycosyl transferase group 1 | 4 |
Uniprot 50 | UniRef50_E1T624 | Cluster: Glycosyl transferase group 1 | 26 |
Таблица 2. Информация о кластерах.
В приведенной ниже таблице (табл.3) представлена информация о ходе поисковых работ в базе даных.
Смысл поиска | Текст поиска | Количество результатов |
Все белки с таким названием | name:"glycosyl transferase group 1" | 20744 не просмотренных куратором |
Все белки из этого организма с таким названием | name:"glycosyl transferase group 1" AND organism:"Burkholderia sp. CCGE1001 [640510]" | 35 не просмотренных |
Все белки с таким названием из семейства, включающего этот организм | name:"glycosyl transferase group 1" taxonomy:"Burkholderiaceae [119060]" | 921 не просмотренных |
Все белки с таким названием из отдела, включающего этот организм | name:"glycosyl transferase group 1" taxonomy:"Burkholderiales [80840]" | 1274 не просмотренных |
Цитохром | name:cytochrome | 1610820 записи, из них 7548 просмотрено |
Цитохром у сосудистых растений | name:cytochrome taxonomy:"Viridiplantae [33090]" | 40264 записи, из них 1483 просмотрено |
Цитохром у членистоногих | name:cytochrome taxonomy:"Arthropoda [6656]" | 841614 записи, из них 230 просмотрено |
Трипсин | name:trypsin | 13241 записи, из них 310 просмотрено |
Ингибитор трипсина | name:trypsin name:inhibitor | 2962 записи, из них 209 просмотрено |
Таблица 3. Поиск в базе данных.
В этой базе данных мало содержимого по этому конкретному белку. Вообще, записи в Refseq уделяют много внимания доменам белка, структурным мотивам и активным сайтам.
Вот ссылка на запись, отвечающею этому белку в базе данных RefSeq.
Данная запись изменялась 27 раз в автоматическом режиме. Названия доменов неоднократно изменялись между двумя состояниями. Данные об изменениях записи взяты отсюда.
В таблице 4 представленна форма записи в базе данных различных усложнений белка по данным из руководства пользователя. Это описывается только на строчке, начинающейся с буквосочетания 'FT'.
Модификация | Запись |
Отрезание первичного метионина | FT INIT_MET 1 1 Removed. |
Нестандартные остатки | FT NON_STD 356 356 Pyrrolysine. {ECO:0000250}. |
Посттрансляционная модификация | FT MOD_RES 367 367 Sulfotyrosine. {ECO:0000250}. |
Гликозилирование | FT CARBOHYD 251 251 N-linked (GlcNAc...). FT /FTId=CAR_000070. |
Кроссшивки | FT CROSSLNK 63 73 Lanthionine (Ser-Cys). |
Дисульфидная связь | FT DISULFID 23 84 {ECO:0000305}. |
Варианты последовательности из-за альтернтивного синтеза | FT VAR_SEQ 653 672 VATSNPGKCLSFTNSTFTFT -> ALVSHHCPVEAVRAVHP FT TRL (in isoform 2). FT /FTId=VSP_003786. |
Таблица 4. Информация о структуре записей в базе данных.