| Исходники | seqret t1/"*.fasta" task1out.fasta | Результат |
Команда соединяет все fasta-файлы в директории t1 в один.
| Исходник | seqretsplit task2in.fasta -osdirectory t2 -auto | Результаты |
Команда отправляет каждую последовательность исхоного файла в отдельный в данной директории.
| Исходник | transeq task4in.fasta -frame 1 -table 10 -outseq task4out.fasta | Результат |
Трансляция данных последовательностей в таблице генетического кода Эуплотид - гипотрихальных инфузорий (10).
| Исходник | transeq task5in.fasta -frame 6 -outseq task5out.fasta | Результат |
Трансляция данной последовательности во всех шести рамках считывания в таблице генкода по умолчанию
| Исходник | seqret task6in.fasta msf::task6out.msf | Результат |
Перевод выравнивания из формата fasta в формат msf
| Исходник | infoalign task7in.fasta -refseq 2 -only -name -idcount -stdout |
Задача решена в предположении, что под выдачей в выходной поток подразумевается stdout. Для удобства ниже приведен отформатированная в html выдача этой программы.
| Исходник | featcopy task8in.gb task8out.gff | Результат |
Перевод аннотации особенностей из формата gb в gff.
| Исходник | shuffleseq task10in.fasta task10out.fasta | Результат |
Перемешивание букв в нуклеотидной последовательности
| Исходник | cusp task13in.fasta task13out.cusp | Результат |
Нахождение частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях(среди групп вырожденности)
| Исходник | compseq task14in.fa task14out.txt | Результат |
Подсчет частот динуклеотидов. После сравнения с данными по частоте отдельных нуклеотидов, выяснилось, что больше всего отклонение от расчетного у пары CG (примерно в 4 раза).
| Исходники | tranalign -aseq t15/gene_sequences.fasta -bseq t15/protein_alignment.fasta -outseq task15out.fasta | Результат |
Выравнивание нуклеотидов по известным выравниваниям белковых продуктов
| Исходник | edialign task16in.fasta -outseq task16out.fasta -outfile task16out.edialign | Результат |
Локальное множественное выравнивание трех последовательностей
| Исходник | degapseq task17in.fasta task17out.fasta | Результат |
Удаление гэпов и посторонних символов
| Исходник | noreturn task18in.fasta task18out.fasta | Результат |
Перевод конца строки в формат unix
| makenuqseq -amount 3 -length 100 -outseq task19out.fasta -auto | Результат |
Данная команда создает три случайных последовательности ДНК длиной 100. Включен автоматический режим чтобы не выбирать файл с частотами кодонов.
| Исходник | seqret task20in.fastq task20out.fasta | Результат |
Перевод из fastq в fasta