Подготовка чтений

Команды для выполнения первого этапа

Команда	Функция	Результат
java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -phred33 raw.fastq trimmed.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7 TRAILING:20 MINLEN:30	Удаление адаптеров и прочих ассоциированных с Illumina последовательностей, удаление с концов нуклеотидов качеством меньше 20 и отбрасывание чтений короче 30	Файл trimmed.fastq, выданный программой

В ходе первоначальной обработки проекта SRR4240358 были удалены остатки адаптеров и концы с плохим качеством. Из исходных 10543839 ридов осталось 8580911, а отброшено было 1962928. Все адаптеры из указанной в задании директории были записаны в один файл adapters.fasta

Подготовка k-меров

Команды для выполнения второго этапа

Команда	Функция	Результат
velveth velveth 29 -fastq -short trimmed.fastq	Подготовка k-меров	Несколько файлов в поддиректории velveth

K-меры были подготовлены программой velveth. В специально обозначенной директории были созданы два необходимых для работы velvetg файл Sequences и Roadmaps.

Сборка на основе предыдущего этапа

Команды для третьего этапа

Команда	Функция	Результат
velvetg velveth	Построение графа на основании k-меров	Создается файл со статистикой и списоком контигов.

K-меры были собранны программой velvetg. График имеет 715 вершин и N50=13511. Общая длина 661664.

Три самых длинных контига

ID	Длина	Покрытие
9	38496	36.68
6	30747	38.86
7	27984	40.81

Среднее значение длин контигов равно 925, а медианное - 8. Это говорит обочень высоком разбросе. В файле для анализа доступен график распределения контигов по длине.

Три контига с высоким покрытием

ID	Длина	Покрытие
19	64	573.80
101	57	539.81
70	87	523.68

Три контига с низким покрытием

ID	Длина	Покрытие
326	61	2.24
263	58	2.33
316	93	2.37

Выравнивание крупных контигов

Результаты выравнивания парным нуклеотидным blast

ID	Длина	Покрытие	Идентичность	E-value	Координаты	Количество гэпов	Количество однонуклеотидных различий
9	38496	73%	78%	0.0	202390-236859	717	7752
6	30747	64%	78%	0.0	166245-144368	611	6153
7	27984	73%	78%	0.0	26775-2004	566	5590

По итогам выравнивания все три контига однозначно мапировались на геном близкородственной бактерии. Выравнивания шестого и седьмого контига с геномом были в противоположном направлении: следовательно, два генома различаются ориентацией достаточно крупных участков. Что интересно, все три контига оказались на первой трети генома. Все выравнивания не сохранили целостность, но состояли из не более чем десяти фрагментов удовлетворительной величины. Стоит так же заметить, что порядок выровненных фрагментов был одинаков для контигов и для геномов, т. е. не удалось детектировать разницу между последовательностью генов в двух бактериях.