В целом, хроматограмма хорошая, шум в значимой части не превышает 20% от сигнала. Длины начальных нечитаемых участков составляют примерно 20 п.н., конечных 60 п.н. Одна из странностей- сигнал от G и A в последовательности стаильно в 1.5-2.5 раза больше среднего уровня сигнала от C и T. Полиморфизмов встречено не было, только около 20 неточностей в виде не превышавшего 40% уровня шума. По ссылке представлен проект JalView с выравниванием, где подозрительные места выделены буквой S. Здесь размещено выданное програмой needle выравнивание в формате fasta. Ниже представлены данные хроматограмм в исходном и fasta формате.
Направление | ab1 | fasta |
Прямое | Файл | Файл |
Обратное | Файл | Файл |
Ниже на страницу отчета вставлено выравнивание последовательностей.
Позиция | Иллюстрация | Вердикт |
130F | Это не полиморфизм, предполагаю, что разночтение возникло из-за быстро прошедшего через капилляр отрезка ДНК длиной 131 с гуанином | |
259F | Шумы от G больше других шумов, пик такой же высоты как соседние, поэтому это не полиморфизм. | |
361F | Пик такой же величины как соседние, пик шума такой же величины как соседние, это не полиморфизм. | |
192R | Высота пика шумов сопставима с соседними, а высота самого пика близка к среднему. Не полиморфизм. | |
351R | Пик в окружении пиков той же высоты, шум не сильно выбивается. Не полиморфизм |
На рисунке снизу показано, как сразу несколько капель разных хроматофоров попали в гель одновременно и лишили результирующие данные какого-то осмысленного содержания.