Секвенирование по Сэнгеру

Чтение хроматограмм

В целом, хроматограмма хорошая, шум в значимой части не превышает 20% от сигнала. Длины начальных нечитаемых участков составляют примерно 20 п.н., конечных 60 п.н. Одна из странностей- сигнал от G и A в последовательности стаильно в 1.5-2.5 раза больше среднего уровня сигнала от C и T. Полиморфизмов встречено не было, только около 20 неточностей в виде не превышавшего 40% уровня шума. По ссылке представлен проект JalView с выравниванием, где подозрительные места выделены буквой S. Здесь размещено выданное програмой needle выравнивание в формате fasta. Ниже представлены данные хроматограмм в исходном и fasta формате.

Результирующие файлы
Направлениеab1fasta
ПрямоеФайлФайл
ОбратноеФайлФайл

Ниже на страницу отчета вставлено выравнивание последовательностей.

Разбор проблемных мест
ПозицияИллюстрацияВердикт
130FЭто не полиморфизм, предполагаю, что разночтение возникло из-за быстро прошедшего через капилляр отрезка ДНК длиной 131 с гуанином
259FШумы от G больше других шумов, пик такой же высоты как соседние, поэтому это не полиморфизм.
361FПик такой же величины как соседние, пик шума такой же величины как соседние, это не полиморфизм.
192RВысота пика шумов сопставима с соседними, а высота самого пика близка к среднему. Не полиморфизм.
351RПик в окружении пиков той же высоты, шум не сильно выбивается. Не полиморфизм

Плохая хроматограмма

На рисунке снизу показано, как сразу несколько капель разных хроматофоров попали в гель одновременно и лишили результирующие данные какого-то осмысленного содержания.


© Бусыгин Сергей, 2017