Trypanosoma brucei, или африканская трипаносома, является вездесущим одноклеточным жгутиковым простейшим. Оно является возбудителем африканской сонной болезни и переносится мухой цеце. Африканский трипаносомоз является зоонозом, и как крупный рогатый скот, так и дикие животные могут служить в качестве резервуаров способных инфицировать человека трипонасом. Частота этого заболевания у людей значительна (до 500 000 случаев в год) и приводит к смерти в большинстве случаев без терапии. Африканские трипаносомы важные модельные организмы для изучения изменения антигенов, генетический обмен, наряду с другими интересными биологическими явлениями. Секвенирование Т. brucei способствует пониманию биологии кинетопластид.
Секвенирование производилось с помощью цельнохромосомного метода дробовика. На все хромосомы кроме одной приходилось по одному скэффолду, а в спорном случае последовательность была установлена генетическим картрированием. Вот публикация с первым упоминанием о секвенировании генома. Остальные данные занесены в форму.
В данной таблице есть ссылки на записи в базе данных с упомянутыми ключами.
| Название | Описание | Пример |
| primer_bind | Сайт связывания праймера | primer_bind 1713..1730 /note="tRNA (Lys1,2)" |
| operon | Оперон | operon 3671..18875 /operon="rufE-F" |
| old_sequence | В этом месте расхождения новой и старй версии последовательности | old_sequence 6952 /citation=[2] |
| modified_base | Модифицированное основание | modified_base 526 /mod_base=m7g |
| sig_peptide | Сигнальный пептид | sig_peptide 515..601 /gene="HLA-DRB4" /note="MHC DR-beta signal peptide" |
| polyA_site | Сайт, по которому производится полиаденилирование при созревании мРНК | polyA_site 983 |
| misc_structure | Не попадающая под другие варианты особенность | misc_structure 3796..3916 /standard_name="centromere of chromosome 12 (CEN12)" /experiment="experimental evidence, no additional details recorded" /note="consensus element for the fully functional centromere of chromosome 12" |
100K Foodborne Pathogen Genome Project - проект по секвенированию геномов пищевых бактериальных и вирусных патогенов, проходящий в калифорнийском университете Дэйвиса при поддерже администрации по контролю пищи и лекарств. В целях - секвенирование 100000 геномов разных штаммов патогенов и загрузга в общедоступную базу данных для упрощения идентефикации отравлений и ускорения реакции на испорченную пищу. Подробнее тут. Одна из последних публикаций проекта.
В ходе поиска полных митохондриальных геномов был выбран митохондриальный геном Dictyostelium discoideum - формирующего псевдоплазмодий слизевика. В его митохондриальном геноме 21 РНК-кодирующих и 42 белок-кодирующих последовательности. Более подробно с его митохондриальным геномом можно ознакомится по ссылке.
