Филогенетические деревья и я: первая встреча

Отобранные бактерии

Среди всех предоставленых на выбор бактерий были только представители типа протеобактерий. В таблице ниже представлена информация об их таксономии и мнемониках. Just Monica

БактерияМнемоникаКлассОтрядСемейство
Burkholderia cenocepaciaBURCABetaproteobacteriaBurkholderialesBurkholderiaceae
Yersinia pestisYERPEGammaproteobacteriaEnterobacteralesYersiniaceae
Rhodobacter sphaeroidesRHOS4AlphaproteobacteriaRhodobacteralesRhodobacteraceae
Enterobacter sp. 638ENT38GammaproteobacteriaEnterobacteralesEnterobacteriaceae
Agrobacterium tumefaciensAGRRKAlphaproteobacteria RhizobialesRhizobiaceae
Vibrio fischeriVIBFMGammaproteobacteriaVibrionalesVibrionaceae
Pasteurella multocidaPASMUGammaproteobacteriaPasteurellalesPasteurellaceae
Proteus mirabilisPROMHGammaproteobacteriaEnterobacteralesMorganellaceae

Скобочная формула дерева

((((PASMU,((YERPE,ENT38),PROMH)),VIBFM),BURCA),(AGRRK,RHOS4));

Изображение дерева

Список нетривиальных ветвей

Дерево содержит пять нетривиальных ветвей
{PASMU, YERPE, ENT38, PROMH, VIBFM, BURCA} против {AGRRK, RHOS4}. Все против альфапротеобактерий.
{PASMU, YERPE, ENT38, PROMH, VIBFM} против {BURCA, AGRRK, RHOS4}. Гаммапротеобактерии против остальных.
{PASMU, YERPE, ENT38, PROMH}, против {VIBFM, BURCA, AGRRK, RHOS4}
{YERPE, ENT38, PROMH} против {PASMU, VIBFM, BURCA, AGRRK, RHOS4}. Представители отряда энтеробактерий и прочие.
{YERPE, ENT38} против {PASMU, PROMH, VIBFM, BURCA, AGRRK, RHOS4}


© Бусыгин Сергей, 2018