Среди всех предоставленых на выбор бактерий были только представители типа протеобактерий. В таблице ниже представлена информация об их таксономии и мнемониках.
| Бактерия | Мнемоника | Класс | Отряд | Семейство |
|---|---|---|---|---|
| Burkholderia cenocepacia | BURCA | Betaproteobacteria | Burkholderiales | Burkholderiaceae |
| Yersinia pestis | YERPE | Gammaproteobacteria | Enterobacterales | Yersiniaceae |
| Rhodobacter sphaeroides | RHOS4 | Alphaproteobacteria | Rhodobacterales | Rhodobacteraceae |
| Enterobacter sp. 638 | ENT38 | Gammaproteobacteria | Enterobacterales | Enterobacteriaceae |
| Agrobacterium tumefaciens | AGRRK | Alphaproteobacteria | Rhizobiales | Rhizobiaceae |
| Vibrio fischeri | VIBFM | Gammaproteobacteria | Vibrionales | Vibrionaceae |
| Pasteurella multocida | PASMU | Gammaproteobacteria | Pasteurellales | Pasteurellaceae |
| Proteus mirabilis | PROMH | Gammaproteobacteria | Enterobacterales | Morganellaceae |
С помощью белкового BLAST в протеомах вышеупомянутых бактерий были найдены белки, похожие по последовательности на белок CLPX_ECOLI, который является АТФ-зависимым компонентом протеазы Clp. E-value был выбран 10^-7 в виду обилия совпадений из-за АТФ-связывающих доменов в других белках. В итоге получилось 16 последовательостей. С выдачей программы BLAST можно ознакомится здесь. Затем они были выравнены по алгоритму Muscle (внутри MEGA) и переданы на построение деревьев.
Выше представленно полученное bootstrap методом при построении дерева из соображений минимальной эволюции. В итоге, в каждом организме есть пара парологов, один из которых - уже упомянутый CLPX, а второй - АТФазная субъединица похожего на протеосому комплекса с мнемоникой HSLU. Среди ортологов можно отметить, к примеру, пары CLPX_ENT38 и CLPX_YERPE; HSLU_RHOS4 и HSLU_AGRRK. В обоих из этих пар отлично видна дивергентная эволюция из-за видообразования. Судя по прочим данным, дупликация гена произошла в эволюционном масшатбе раньше, чем жил общий предок протеобактерий. Гомологи четко разделяются на две ветви, в одной CLPX, в другой - HSLU. Дерево по этим белкам достаточно сильно сходится с референсным.