В задании мне была предложена работа с бактерией Vibrio vulnificus и ее путем биосинтеза пуринов. Для этой бактерии есть 104 белка из разных штаммов, помеченных таким ключевым словом, но только 24 аннотированны вручную. Половина из них принадлежат к штамму CMCP6, остальные - к штамму YJ016. Я выбрал штамм YJ016, его мнемоника в Uniprot VIBVY. Из 12 белков я выбрал 10 (кроме самого длинного и самого короткого), они представлены в таблице ниже.
В данном файле находятся иходные данные(100 нуклеотидов со стороны 5' конца гена, уже с учетом цепочки ДНК). С результатами можно ознакомится здесь. Все три полученные по уловиям задания мотивы были с высоким E-value и короткими. Ни один не включал все регионы.