Для задания я выбрал белок с AC P74518. Он из цианобактерии рода Synechocystis. Он обладает способностью димеризовывать активные рибосомы, снижая тем самым их трансляционную активность. Стоит отметить, что у образующихся агрегатов коэффициент седиментации 100S. В таблице ниже приведены результаты итераций. При этом уже четвертая итерация привела к стабильному результату, давшему серьезное разделение между отобранными и неотобранными белками.
В данном файле находятся иходные данные(выравнивания гомологичных белков протеобактерий.). Я выбрал семейство ортологов с мнемоникой HSLU. Потом я выбрал крупный блок выравнивания, имеющий соответствие во всех последовательностях. Его паттерн V-S-R-x-G-V-Q-R-D-L-L-P-L-[VI]-E-G-x-T-V-[SN]-T-K-x-G-x-V-K-T-D-H-[IM]-L-F-I.
VSREGVQRDLLPLVEGTTVSTKYGPVKTDHILFI VSRQGVQRDLLPLVEGTTVNTKYGMVKTDHILFI VSREGVQRDLLPLVEGCTVSTKHGMVKTDHILFI VSREGVQRDLLPLVEGTTVSTKHGMVKTDHILFI VSREGVQRDLLPLVEGCTVSTKHGMVKTDHILFI VSREGVQRDLLPLIEGTTVSTKYGPVKTDHILFI VSREGVQRDLLPLVEGSTVSTKHGMVKTDHMLFI VSREGVQRDLLPLVEGCTVSTKHGMVKTDHILFIВ выдаче prosite 153 белка, а в Uniprot их 331. Что интересно, все белки из выдачи prosite есть в списке uniprot. Число ложных находокравно нулю, а число ненайденных - 178.