Рисунок 1. Выбранный белок и его поверхность.
Для выполнения данного практикума я выбрал человеческую супероксиддисмутазу с PDB ID 2AF2, исходный файл доступен по ссылке. Струкура получена методом ЯМР, всего в банке PDB 30 моделей для данной записи. У белка две субъединицы. Выбранные для сравнения элементы выделены цветом на рис.1.
Рисунок 1. Выбранный белок и его поверхность.
Я провел подсчет площади поверхности и доступной для растворителя площади для каждой из моделей. Результаты представлены на рисунках 2 и 3 соответственно. Единица измерения поверхности - квадратный ангстрем. Файл с точными значениями доступен по ссылке. Площади разных моделей схожи, что говорит о высоком качестве определения структуры. Что примечательно, доступная для растворителя поверхность коррелирует с общей поверхностью белка.
Рисунок 2. Площади поверхности моделей.
Рисунок 3. Доступные для растворителя площади поверхностей.
Я посмотрел на зону контактов двух субъединиц этого белка, используя как критерий близости нахождение в пределах 3,5 ангстрем от второй субъединицы. На рисунках 4 и 5 представлены результаты этих манипуляций с и без использования команды extract. С её помощью получается увидеть границу раздела двух субъединиц.
Рисунок 4. Без команды extract.
Рисунок 5. C командой extract