Рисунок 1. Неединичные коэффициенты заполнения в структуре 4O8H.
Коэффициент заполнения может говорить нам о гибкости конформаций остатка или о связывании лиганда не всеми белками кристалла. На сайте Protein bank in Europe с помощью запроса Experimental method : x-ray diffraction AND Resolution : 0 - 1 было получено 914 результатов. Я выбрал структуру 4O8H - человеческого циклофелина. Как видно на рисунке 1, в ней присутствуют аминокислоты, чье положение не строго детерминированно.
При плохом разрешении структуры некоторые остатки аминокислот могут не быть расшифрованы. На сайте Protein bank in Europe с помощью запроса Experimental method : x-ray diffraction AND Resolution : 3 было получено 10983 результатов. Я выбрал структуру 1QRU - мутантной глутаминил-тРНК синтетазы. Как видно на рисунке 2, с двух концов пептидной молекулы не получилось расшифровать положение нескольких аминокислот, а также одного нуклеотида из тРНК. Возможно это вызвано высокой мобильностью этих концов.
Зачастую структура в PDB не соответствует природному функциональному белку. Это может быть домен белка или, наоборот, белковая молекула, сшитая с искусственным тэгом для выделения и кристаллизации. На сайте Protein bank in Europe с помощью запроса expression tag было получено 60483 результатов. Я выбрал структуру 3UI4 - человеческого парвилина. У него есть N-концевой тэг из пяти аминокислот.(рис.3)
В-фактор характеризует, то насколько предсказанные координаты центра атома вписываются в электронную плотность. Если его значение меньше 10, то атом почти неподвижен, а значения больше 40 "плохие" и говорят о том, что атом подвижен. Ниже приведены максимальное (рис.4) и минимальное (рис.5) значение B-фактора для 6ICA (значение B-фактора во второй колонке справа). Они встречаются у N-концевых остатков и у плотно упакованного в гиброфобном ядре изолейцина соответственно.
