Рисунок 1. Выбранные для сравнения элементы вторичной структуры.
Для выполнения данного практикума я выбрал гликозилтрансферазу с PDB ID 4XSO, исходный файл доступен по ссылке. Я воспользовался веб-интерфейсом программы Stride для поиска элементов вторичной структуры и получил слудующие данные. Нумерация аминокислот совпадает. Выбранные для сравнения элементы выделены цветом на рис.1.
Рисунок 1. Выбранные для сравнения элементы вторичной структуры.
| Тип вторичной структуры и её цвет | Номер | Stride | PDB |
|---|---|---|---|
| Альфа-спираль красная | 14 (цепь B) | Gln 242 - Leu 255 | Glu 241 - Leu 255 |
| Альфа-спираль синяя | 25 (цепь А) | Gln 99 - Ala 112 | Thr 98 - Ser 113 |
| Бета-лист желтый | 3 AA2 (цепь В) | Phe 201 - Phe 206 | Phe 201 - Phe 206 |
| Бета-лист оранжевый | 5 AA3 (цепь A) | Leu 116 - Leu 120 | Leu 116 - Leu 120 |
Таблица 1. Сравнение выдачи алгоритма с исходным файлом.
Как видно из таблицы 1, грацицы элементов вторичной структуры, предсказанные с помощью Stride практически совпадают с таковыми в PDB файле. Границы бета-листов полностью идентичны. Границы альфа-спиралей предсказанные Stride либо совпадают, либо не включают крайнюю аминокислоту. Возможно это связано с тем, что остаток глутамина 241 на цепи В считается алгоритмом входящим в состав поворота, но для других остатков такого объяснения нет. Может быть, у них недостаточно водородных связей с остальными аминокислотами спирали. Я больше верю аннотации PDB так как она была составлена под контролем коллектива авторов статьи, а не алгоритма.
Программа также выдала несколько структур других типов, изображения представителей которых представленны в таблице 2.
| Тип вторичной структуры | Координаты | Изображение |
|---|---|---|
| 3-10 спираль | Цепь А Lys 24 - Tyr 26 |  |
| Бета-поворот VIII типа | Цепь В Glu 288 - Gly 291 |  |
| Инвертированный гамма-поворот | Цепь В Ile 123 - Ser 125 |  |
Таблица 2. Другие вторичные структуры.