Рисунок 1. Выравнивание пяти структур.
Я выбрал цепь А человеческой медь-цинковой супероксиддисмутазы 1AZV и после поиска в сервисе PDBefold с параметрами по умолчанию, получил 887 результатов (информация о направленных на следующий этап исследования четырех белках находится в первых четырех строках файла).
Множественное выравнивание, построенное на основании структуры, доступно в этом файле и на рисунке 1. Скрипт для визуального представления в RasMol можно загрузить отсюда. Я также выравнял последовательности белков алгоритмом Muscle с параметрами по умолчанию, выравнивание доступно здесь.
Я нашел, что выравнивание на основании структур помещает остаток аспартата 25 последовательности 2SOD(третья строка в выравниваниях/голубая окраска в структуре) в колонку с глицинами других последовательностей, а на основании последовательностей - к другим аспартатам.(таблица 1). Изучив ход остова белка(рисунок 2), я пришел к выводу, что PDBeFold выравнивание более правдоподобно, так как этот остаток сильно удален от других аспартатов.
Выравнивание на основании структуры |
Выравнивание на основании последовательностей |
