Практикум 11. Гомология и выравнивание

Выбранный домен: семейство АТФ-синтаз, ассоциированных с различными клеточными процессами. Имеет достаточно большое число последовательностей в выравнивании seed (207) и структур (2362)
AC: PF00004
Summary name: ATPase family associated with various cellural activities (AAA)

1. МДБ со всеми последовательностями

Расположение: позиции 5-12. Консервативные позиции: 5, 8, 10 (>98% G); 11 (99% K); 7 (92.3% P)
fasta-файл

2. МДБ не со всеми последовательностями

Расположение: последовательности 104-111, позиции 1-19 (здесь раньше была очепятка). Консервативные позиции:
L: 2, 13, 14
P: 6,7
G: 5, 8, 10
T: 9, 12
K: 11
A: 15, 17, 19
fasta-файл

3. МДБ, не отражающий ход эволюции

Расположение: последовательности 131-137, позиции 92-98. Консервативные позиции отсутствуют, есть гэп в 7 из 8 последовательностях, на остальных аминокислоты идут хаотично, поэтому выбранный участок не отражает хода эволюции.
fasta-файл

Ссылка на таблицу с отсчетом.
Ссылка на проект Jalview.