Выбранный домен: семейство АТФаз, ассоциированных с
различными клеточными процессами. Встречаются в организмах всех царств, ыполняют различные функции и играют роль во многих
ключевых процессах (рапликация ДНК, регуляция экспрессии генов, мембранный траспорт и т.д.
Как правило, имеют два домена: N-концевой α/β-домен и С-концевой α-спиральный домен.
Белки этого семейства широко представлены в царствах эукариот и бактерий, так же имеется небольшое
количество у архей.
Таблица 1. Характеристики семества PF00004
AC
PF00004
Summary name
ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
Seed
207
All
617612
SW
2k
architectures
5393
3D
713
eukaryota
258592
archaea
21256
bacteria
329269
Ссылка на таблицу 12.1.
2. Карта локального сходства
Выбранные доменные архитектуры:
PF00004 - PF17862. Белок:
P28737 (такая доменная структура характерна для семейства AAA)
С выбранными белками выполнен BLAST при стандартных параметрах.
На карте локального сходства видно полное сходство доменов PF00004 и
и значительное сходство доменов PF17862 и PF07724 с двумя сдвигами по вертикальной оси. Во втором случае сходство может указывать
на то, что эти два домена имеют общее происхождение. Это предположение подтверждается и описанием доменов:
PF17862 описан как С-концевая α-спираль, в то время как
PF17862, согласно описанию, включает AAA белки, которые не распознаются
моделью, идентифицирующей домен PF00004.
Рис. 1. Карта локального сходства двух выбранных архитектур.
Ось абсцисс: PF00004 - PF17862.
Ось ординат: PF00004 - PF07724.
