Практикумы 3-5. Описание белка RadA

Структура в целом

Макромолекула представляет из себя глобулярный белок, состоящий из одной полимерной цепи (A). В одной биологической единице встречается гексамер, представляющий из себя 6 последовательно связанных подструктур.

Характеристика полимерной цепи

RadA – белок метанообразующей археи Methanococcus voltae PS, участвующий в рекомбинации и репарации молекул ДНК. Действие заключается в образовании устойчивых комплексов с ДНК и катализом процесса обмена участками между двумя цепями с затратой энергии молекул АТФ.

Мутации: замена 1-й аминокислоты с N на G и замена 299-й с D на K

Модификации после трансляции: отсутствуют

Информация с Uniprot
Параметр	Значение
uniprot_id	O73948
Protein	DNA repair and recombination protein RadA
Gene	radA
Status	UniProtKB reviewed (Swiss-Prot)
Organism	Methanococcus voltae
Amino acids	322
Protein existence	Evidence at protein level

Вторичная структура

Наиболее представленная структура – α-спираль.

Количество аминокислот, входящих в состав структур различных типов
α-спираль	157
β-тяж	69
loop-участки	93

ss labeled — Рис. 2. Вторичная структура белка. Элементы раскрашены в зависимости от их типа.

Малые молекулы

1 Аденилатный эфир фосфоаминофосфоновой кислоты (Phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester, ANP, AMP-PNP)

2 Иона магния

1 Ион натрия

Окружение иона натрия

Ион натрия окружен тремя аминокислотами, находящимися на расстоянии не более 5 ангстрем: гистидин, глутаминовая кислота и глицин, причем гистидин и глутаминовая кислота ориентированы на ион натрия карбоксильными группами.

Na and near — Рис. 3. Ион натрия в окружении аминокислот

Водородные связи

Ниже приведены изображения водородных связей различных типов:

hydrogen bond backbone — Рис. 4. Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка.

hydrogen bond side radical — Рис. 5. Водородная связь, затрагивающая атомы радикала, в данном случае – связи между водородами при атоме азота лизина и кислородами при C'-атомах глутаминовой кислоты и глицина.

salt_bridge — Рис. 6. Солевой мостик между радикалами лизина и глутаминовой кислоты.

cysteines — Рис. 7. Три цистеина, присутствующие в белке (выделены фиолетовым цветом). Белок не содержит дисульфидных мостиков.