Практикум 8. Нуклеотидный BLAST

Задание 1. Поиск в геноме жабы гена, кодирующего δ-субъединицу АТФ-синтазы

Выбранный в прошлом практикуме организм – Жаба обыкновенная (Bufo Bufo). В файле protein.faa по ключевой фразе ATP synthase subunit delta. Идентификатор белка: XP_040273498.1. Фрагмент с ним был скопирован из protein.faa и сохранен в формате FASTA в файле ATPase-delta.fasta

Идентификатор нуклеотидной записи был найден в файле последовательности генома с аннотацией (GBFF) путем последовательного использования поиска по идентификатору белка, а затем по поиску вверх строчки LOCUS. Идентификатор нуклеотидной записи: NC_053390

Последовательность ДНК, содержащая кодирующую белок часть, была получена в геномном браузере.

Задание 2. Разные варианты BLAST для фрагмента ДНК

Поскольку Bufo Bufo относится к вторичноротым, для поиска BLAST было выбрано семесйство Пчёлы (Apoidea; первичноротые). BLAST проводился по базе данных RefSeq Genome Database (refseq_genomes). На вход подавалась нуклеотидная последовательность экзома, который был найден через запись о белке XP_040273498.1.

Метод blastn

При параметрах по умолчанию (word size 11, expect treshhold 0.05) результатов не было, как и при снижении размера слова до 7. При повышении expect treshold до 10 выдается 11 результатов, однако у всех e-value превышает 1.1. Вывод: использовать blastn (а тем более и megablast) для поиска гомологов между удаленными группами организмов нецелесообразно.

Метод tblastn

sds

Было получено 38 результатов с e-value достаточно малых порядков (1e-18 и ниже). Дописать описание. Текстовый дескрипшин уже в папке прака