Отчет по практикуму 2
Задание 1
Файлы со структурами ДНК в формате .pdb, полученные с использованием программы fiber, доступны по ссылкам: A-форма , B-форма , Z-форма.
Задание 2
При рассмотрении модели на основе экспериментальных данных (PDB:3bna) в программе Jmol получены следующие результаты для аденина в позиции 18 (номера атомов указаны в соответствии с нумерацией в Jmol): В сторону малой бороздки (на рис. 1 окрашены синим) смотрят атомы: [DA]18:B.N9 #357, [DA]18:B.C4 #366, [DA]18:B.N3 #365, [DA]18:B.C2 #364. В сторону большой бороздки (на рис. 1 окрашены красным) смотрят атомы: [DA]18:B.C6 #361, [DA]18:B.N6 #362, [DA]18:B.C5 #360, [DA]18:B.N7 #359.
| A-форма (PDB:3v9d) |
B-форма (PDB:3bna) |
Z-форма (gatc-z.pdb) | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 29.6 | 30.9 | 43.3 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 13.26 ([DG]5:A.P - [DC]3:A.P ) |
16.72 ([DA]5:A.P – [DG]16:B.P) |
7.20 ([DG]35:B.P – [DG]9:A.P) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 16.69 ([DG]6:A.P – [DG]13:B.P) |
11.98 ([DC]21:B.P - [DC]9:A.P) |
14.52 ([DC]34:B.P – [DC]10:A.P) |
Задание 3
На основании данных анализа, приведенных в файле 2cv0_old.out, полученном при помощи программ find_pair и analyze из пакета 3DNA, удалось выявить в РНК 2dv0 4 стебля. Их координаты приведены в табл. 2.
| По цепи 1 | По цепи 2 |
| 501–507 | 572-566 |
| 549–553 | 565–561 |
| 538–544 | 532–526 |
| 510–513 | 525–522 |
В структуре молекулы обнаружено 17 пар оснований, между которыми возникают неканонические взаимодействия:
2 G-*---U [2] O6 - N3 2.85 N1 - O2 2.91
13 U-**--A [2] O2 - N6 3.17 N3 - N7 3.19
14 U-**+-G [1] O2 - N2 2.70
15 A-**--C [1] N6 - O2 3.15
21 A-**--G [2] N6 - O6 3.10 N1 - N1 2.88
25 U-*---G [2] O2 - N1 2.65 N3 - O6 2.96
26 U-**--A [3] O3'- O2' 2.87 O2'- N3 3.22 O2 * N1 3.55
27 A-**--A [2] N6 - N3 3.03 N1 - O2' 2.74
28 G-**+-C [2] N1 - O2 3.24 N2 - N3 2.95
31 G-*---U [2] O6 - N3 2.91 N1 - O2 2.94
42 U-**--A [2] O2 - N6 3.15 N3 - N7 3.19
43 U-**+-G [1] O2 - N2 2.90
44 A-**--C [1] N6 - O2 3.00
50 A-**--G [2] N6 - O6 3.06 N1 - N1 2.85
54 U-*---G [2] O2 - N1 2.60 N3 - O6 2.91
55 A-*--U [3] OP2 O4 3.36 N7 - N3 2.83 N6 - O2 2.77
56 G-**+-C [2] N1 - O2 3.19 N2 - N3 3.01
В поддержании структуры молекулы также участвуют водородные связи между атомами азотистых оснований, не входящие в состав стеблей:
13 (0.007) ....>C:.554_:[..U]U-**--A[..A]:.558_:C<.... (0.003)
14 (0.009) ....>C:.555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518_:C<.... (0.014)
26 (0.005) ....>C:.508_:[..U]U-**--A[..A]:.546_:C<.... (0.007)
27 (0.009) ....>C:.514_:[..A]A-**--A[..A]:.521_:C<.... (0.013)
28 (0.024) ....>C:.515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548_:C<.... (0.013)
29 (0.012) ....>C:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:C<.... (0.003)