Отчет по практикуму 7
Задание 1: Выбор геномной сборки
Для практикума я выбрал вид Drosophila melanogaster (fruit fly). Этот организм является популярным модельным объектом эмбриологии и генетики. За работы, выполненные на этом объекте было присуждено несколько Нобелевских премий по физиологии и медицине. Кроме того, это один из немногих организмов, для которого получена детальная карта нервной системы (коннектом). В кариотипе дрозофилы 4 пары хромосом: 1 пара половых и 3 пары соматических [1].
Рисунок 1. Фотогорафия Drosophila melanogaster [1].
По поисковому запросу "Drosophila melanogaster (fruit fly)" в NCBI было найдено 67 сборок. Я выбрал сборку с идентификатором RefSeq GCF_000001215.4, это рефренсная сборка уровня Chromosome. По классификации RefSeq референсной считается сборка, отобраннная вручную и сочтенная кураторами базы данных качественной. Она может использоваться как стандарт для сравнения с другими сборками. Уровень сборки Chromosome по спецификации базы данных имеют сборки, в которых есть последовательности одной или более хромосом, в которых могут быть гэпы между контигами и скэффолдами, для некоторых скэффолдов место в геноме может быть не определено.
Задание 2: Описание геномной сборки
| GenBank id | RefSeq id | Размер | Scaffold N50 | Scaffold L50 | Contig N50 | Contig L50 | GCA_000001215.4 | GCF_000001215.4 | 143.7 Mb | 25.3 Mb | 3 | 21.5 Mb | 3 |
Таблица 1. Некоторые характеристики выбранной геномной сборки.
N50 - длина самого длинного элемента (контига или скэффолда) для которого половина всех нуклеотидов сборки содержится в элементах (контигах или скэффолдах соответственно) такой же или большей длины. L50 - наименьшее число элементов (контигов или скэффолдов), в которых содержится половина всех нуклеотидов сборки.
Задание 3: Скачивание файлов
1. Нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA)2. Последовательности белков (в формате FASTA)
3. Последовательности генома с аннотацией (GBFF)