Практикум 10

Белок Paraphotobacterium Marinum

Исследовали гомологи белка A0A220VBE9_9GAMM

При запуске программы BLAST использовались следующие параметры:

Database: Swiss-Prot/UniprotKB Word size: 5
Тут можно посмотреть текстовый файл с выдачей программы. Находок достаточно, чтобы отобрать белки для выравнивания. Последовательности были выравнены с помощью программы Muscle. Тут можно скачать файл с выравниванием.

Все отобранные белки гомологичны, в выравнивании нет последовательностей, выбивающихся из картины гомологичных и негомологичных участков, гэпов мало, схожих аминокислот много.

Вирусный белок

В качестве полипротеина выбрали ID: GAG_SRV1, AC: P04022 из Simian retrovirus SRV-1. Из него вырезали белок Capsid protein p27 ([301:526] в последовательности полипротеина). (посмотреть fasta)

При запуске программы BLAST использовались следующие параметры:

Database: Swiss-Prot/UniprotKB Word size: 3
Тут можно посмотреть текстовый файл с выдачей программы. Находок достаточно, чтобы отобрать белки для выравнивания. Последовательности были выровнены с помощью программы Muscle. Тут можно скачать файл с выравниванием.

Все отобранные белки гомологичны, в выравнивании нет последовательностей, выбивающихся из картины гомологичных и негомологичных участков, гэпов мало, схожих аминокислот много.

E-value

Повторяя запрос BLAST с теми же параметрами что и в пункте Вирусный белок, но в этот раз ограничив поиск вирусами, получили E-value для последовательности исследуемого полипротеина 2e-162, в то время как без ограничений пот аксонам E-value для той же последовательности было 2e-161. Из формулы для E-value можно заключить, что примерно одна десятая UniprotKB/Swiss-Prot представлена вирусными белками.