Исследовали гомологи белка A0A220VBE9_9GAMM
При запуске программы BLAST использовались следующие параметры:
Все отобранные белки гомологичны, в выравнивании нет последовательностей, выбивающихся из картины гомологичных и негомологичных участков, гэпов мало, схожих аминокислот много.
В качестве полипротеина выбрали ID: GAG_SRV1, AC: P04022 из Simian retrovirus SRV-1. Из него вырезали белок Capsid protein p27 ([301:526] в последовательности полипротеина). (посмотреть fasta)
При запуске программы BLAST использовались следующие параметры:
Все отобранные белки гомологичны, в выравнивании нет последовательностей, выбивающихся из картины гомологичных и негомологичных участков, гэпов мало, схожих аминокислот много.
Повторяя запрос BLAST с теми же параметрами что и в пункте Вирусный белок, но в этот раз ограничив поиск вирусами, получили E-value для последовательности исследуемого полипротеина 2e-162, в то время как без ограничений пот аксонам E-value для той же последовательности было 2e-161. Из формулы для E-value можно заключить, что примерно одна десятая UniprotKB/Swiss-Prot представлена вирусными белками.