Для поиска белка я ввела следующий запрос:
(taxonomy_id:1755811)
Было выдано 2308 результатов, все unreviewed. Я выбрала белок ID: A0A220VBE9_9GAMM, потому что его annotation score 4/5, описаны реакции, которые он катализирует.
Рис. 1. Реакция, катализируемая данным белком.
Информация о белке
Аспартат-семиальдегид-дегидрогеназа. Функция: катализирует НАДФН-зависимое образование L-аспартат-семиальдегида путем восстановительного дефосфорилирования L-аспартил-4-фосфата.
Поисковые запросы
(ec:1.2.1.11) - ищем ферменты того же класса что и выбранный бактериальный белок. Находок: 48,417.
(ec:1.2.1.11) AND (taxonomy_id:135623) - ищем ферменты того же класса что и выбранный бактериальный белок из порядка нашей бактерии (Vibrionales). Находок: 794.
(ec:1.2.1.11) AND (taxonomy_id:641) - ищем ферменты того же класса что и выбранный бактериальный белок из семейства нашей бактерии (Vibrionaceae). Находок: 790.
(cc_pathway:"Amino-acid biosynthesis") AND (taxonomy_id:641) - ищем ферменты, участвующие в синетезе аминокислот у бактерий этого семейства (Vibrionaceae). Находок: 27,822.
