Практикум 8

Нашелся референсный протеом этого вида бактерий. ID: UP000242175. В нем 2308 описанных белков. Ни один из них не описан в Swiss-Prot. CPD - близко к стандартному, что значит, что протеом вероятно неплохо изучен. Показатели BUSCO дублированных и фрагментированных генов низкие, чуть меньше половины генов single, чуть больше половины missing.

В качестве протеома контроля был выбран протеом Photobacterium phosphoreum из рода близкого к изучаемому. Бактерия Photobacterium phosphoreum в отличие от Paraphotobacterium marinum может флюоресцировать. ID: UP000240683. Протеом не референсный (в базе UniProtKB нет референсного протеома бктерий данного вида), но показатель CPD стадартный, более 95% генов предсталены в геноме в виде одной полной копии. Белков в протеоме контроля 3931.

Разница в размере протеомов объясняется тем, что размер ДНК Paraphotobacterium marinum примерно вдвое меньше чем размер ДНК большинства видов рода Photobacterium.

С помощью запроса в bash zcat .swiss.gz | seqret -filter 'swiss::stdin:*[1:1]' | grep -v "^>" | sort | uniq -c мы нашли, с каких аминокислот начинаются белки у этих бактерий.

У Paraphotobacterium marinum все белки начинаются с метионина, у Photobacterium phosphoreum помимо метионина 1 белок начинается с изолейцина, 1 - с аргинина, 2 - с серина, 1 - с треонина, 1 - с валина, 1 - с тирозина, что говорит о возможном присутствии посттрансляционных модификаций у Photobacterium phosphoreum.