Практикум 9

В работе использовались следующие три пары гомологичных белков:

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

статистики трех парных выравниваний
Табл. 1. Выравнивание с помощью программы needle.

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

статистики трех парных выравниваний
Табл. 2. Выравнивание с помощью программы water.

Применение программ выравнивания к негомологичным белкам

Локальное выравнивание (water) показало проценты схожести и идентичности выше, чем можно было бы ожидать в выравнивании негомологичных белков, но участок выравнивания заметно короче каждой из последовательностей. Можно сделать вывод, что даже в негомологичных белках вероятно найдется какой-то похожий участок, но он не будет большим. Глобальное выравнивание просто поставило гэпы почти напротив всех аминокислот, что подтверждает их негомологичность.
статистики трех парных выравниваний
Табл. 3. Выравнивание с помощью программы water.

Множественное выравнивание белков

Было проведено множественное выравнивание белков с мнемоникой NUSG. На запрос (id:NUSG*) было выдано 77 результатов. Были выбраны белки:

Выравнивание было сделано с помощью программы Muscle при настройках по умолчанию. Файл с выравниванием можно посмотреть тут.

В выравнивании есть несколько участков, где все белки выровнялись хорошо, так что наверняка они все гомологичны. Самые консервативные участки: 110-151, 291-295, 339-368, 421-474. Большая часть остальных участков заполнена аминокислотами (а не гэпами) только для последовательностей NUSG_STPVG, NUSG_MYCTU.