В ходе практикума были выполнены выравнивания гомологичных и негомологичных белков Bacillus subtilis и Escherichia coli.

Названия выбранных белков и все результаты можно посмотреть в таблице.

В глобальных выравниваниях для гомологичных белков процент идентичности составил от 19.6 до 42.3, тогда как для негомологичных - от 0.5 до 17.1. Процент схожести колеблется от 36.2 до 61.9 для гомологичных и от 1.0 до 29.1 для негомологичных.

В локальных выравниваниях гомологичные белки идентичны в пределах от 21.8 до 45.1, а негомологичные - от 21.5 до 29.2, похожи соответственно от 40.6 до 66.4 и от 37.8 до 54.2.

Таким образом, можно заметить, что процент идентичности гомологичных белков в глобальном выравнивании колеблется в районе 40, а негомологичных - 10. Также интересно заметить, что негомологичные белки имеют высокий процент идентичности и похожести при локальном выравнивании.
Для множественного выравнивания гомологичных белков был выбран Major cold shock protein (мнемоника: cspa). Результаты можно увидеть на картинке ниже
Также частью задания было сравнить результаты множественного, глобального и локального (в такой же последовательности на картинке сверху вниз) выравниваний двух последовательностей.
Отличия:
1. В множественном после 2 аминокислоты стоит два гэпа.
2. В глобальном и локальном после 19 аминокислоты стоит гэп, а в множественном его нет.
3. В множественном есть гэп после 21 аминокислоты.