Uniprot. BAB53033.1 Семестр II

Получение информации о белке PLDH_RHILO

В течение этого практикума была найдена основная информация о белке Пиридоксаль-4-дегидроза, например, такая, как UniProt ID, PDB ID, длина белка и другое (Таблица 1). Также были кратко рассмотрены кластеры UniRef, содержащие рассматриваемый белок (Таблица 2).

В целях знакомства с синтаксисом UniProt были проведены несколько поисковых запросов, результаты которых представлены ниже.

Таблица 1. Основная информация о белке PLDH_RHILO из UniProt.
UniProt ID PLDH_RHILO
UniProt AC Q988B7
Название белка Pyridoxal 4-dehydrogenase
RefSeq ID WP_010914343.1
PDB ID 3NDR, 3NUG, 3RWB
Длина белка (а.о.) 248
Молекулярная масса (Да) 25531
Рекомендуемое название Full=Pyridoxal 4-dehydrogenase; Short=tPLDH;

Поиск белка PLDH_RHILO в UniRef

Таблица 2. Кластеры UniRef, содержащие белок PLDH_RHILO.
Раздел UniRef ID кластера Название кластера Размер кластера
UniRef100 UniRef100_Q988B7 Cluster: Pyridoxal 4-dehydrogenase 4
UniRef90 UniRef90_Q988B7 Cluster: Pyridoxal 4-dehydrogenase 68
UniRef50 UniRef50_Q988B7 Cluster: Pyridoxal 4-dehydrogenase 122

Сеансы поиска в UniProt"

Знакомство с синтаксисом UniProt. Примеры поисковых запросов представлены ниже.

Поиск Пиридоксаль-4-дегидрогеназы

  1. Поиск по полному рекомендованному названию белка

    Текст запроса: name:"pyridoxal 4 dehydrogenase"
    Количество находок в Swiss-Prot: 2
    Общее количество находок: 1581

  2. Поиск по тому же названию среди белков своего организма

    Текст запроса: name:"pyridoxal 4 dehydrogenase" organism:"mesorhizobium japonicum"
    Количество находок в Swiss-Prot: 1
    Общее количество находок: 1

  3. Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же семейства

    Текст запроса: name:"pyridoxal 4 dehydrogenase" taxonomy:"Phyllobacteriaceae [69277]"
    Количество находок в Swiss-Prot: 1
    Общее количество находок: 151

  4. Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же отряда

    Текст запроса: name:"pyridoxal 4 dehydrogenase" taxonomy:"Rhizobiales [356]"
    Количество находок в Swiss-Prot: 1
    Общее количество находок: 492

Поиск цитохромов

  1. Просто поиск цитохромов

    Текст запроса: cytochrome
    Количество находок в Swiss-Prot: 10,827
    Общее количество находок: 2,950,830

  2. Поиск цитохромов среди белков позвоночных

    Текст запроса: cytochrome taxonomy:vertebrata
    Количество находок в Swiss-Prot: 3,638
    Общее количество находок: 328,604

  3. Поиск цитохромов среди белков инфузорий

    Текст запроса: cytochrome taxonomy:ciliophora
    Количество находок в Swiss-Prot: 11
    Общее количество находок: 2,127

Поиск трипсинов

  1. Поиск по слову "трипсин"

    Текст запроса: name:trypsin
    Количество находок в Swiss-Prot: 312
    Общее количество находок: 22,706

  2. Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы

    Текст запроса: name:trypsin NOT name:inhibitor
    Количество находок в Swiss-Prot: 101
    Общее количество находок: 18,169