Задание 1
С помощью команды fiber пакета 3dna были сгенерированы A-DNA, B-DNA и Z-DNA.
Задание 2
Был выбран 6 гуанин А цепи днк структуры 3v9d. Красным цветом выделены атомы, обращенные в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
В сторону большой бороздки обращены атомы: C6#111, O6#112, C5#110, N7#109, N1#113.
В сторону малой бороздки обращены атомы: N2#113, C2#114, N2#115, N3#116, C4#117, N9#107, C8#108.
Были проанализированы экспериментальные структуры 1tne (Z-DNA), 1bna (B-DNA), 3v9d (A-DNA). Результаты представлены в таблице ниже.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 29,61 | 34,18 | 47,8 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки |
11,04
(Atom #1:[DC]4:A.P #55; Atom #2:[DG]5:B.P #359) |
16,44
(Atom #1:[DG]4:A.P #58; Atom #2:[DA]17:B.P #324) |
18,07
(Atom #1:[DG]8:B.P #221; Atom #2:[DC]3:A.P #62) |
| Ширина малой бороздки |
15,02
(Atom #1:[DG]14:B.P #548; Atom #2:[DC]4:A.P #55) |
12,99
(Atom #1:[DC]23:B.P #447; Atom #2:[DA]6:A.P #101) |
8,2
(Atom #1:[DG]6:A.P #158; Atom #2:[8MG]10:B.P #284) |
Задание 3
С помощью пакета 3DNA была проанализирована тРНК(1n77).
На картинке ниже представлены значения некоторых торсионных углов (из файла 1n77_old.out). Можно сделать вывод, что эта тРНК больше всего похожа на А форму ДНК.
Затем были найдены стебли тРНК. Их координаты представлены на картинке ниже. Можно заметить, что, например, пары под номерами 15, 21, 27 являются неканоническими.
