Задание 1. Предсказание структуры тРНК.
Пытались предсказать вторичную структуры тРНК с помощью einverted, find_pair и алгоритма Зукера(RNAfold). Для einverted были выставлены нестандартные параметры (gap penalty:4; minimum score threshold:15; match score:3; mismatch score:-4), и тогда была найдена часть акцепторного стебля. При первом же запуске RNAfold со стандартными параметрами программа выдала корректную структуру.
Участок акцепторного стебля, который был найден с помощью команды einverted.
Предсказание вторичной структуры RNAfold
Результаты предсказаний показаны в таблице ниже.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 5'-1-7-3'
3'-72-66-5' Все 7 пар |
5 | 7 |
| D-стебель | 5'-10-13-3'
3'-25-22-5' 4 пары |
0 | 5 |
| T-стебель | 5'-49-53-3'
3'-65-61-5' 5 пар |
0 | 5 |
| Антикодоновый стебель | 5'-39-43-3'
3'-31-27-5' 5 пар |
0 | 5 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 21 пара | 5 пар | 22 пары |
Задание 2. ДНК-белковые контакты.
Скрипты
Скрипт с определением множеств атомов.
Скрипт, демонстрирующий структуру.
Полярные и неполярные контакты.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 7 | 21 | 28 |
| остатками фосфорной кислоты | 23 | 19 | 42 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 10 | 32 | 42 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 1 | 0 | 1 |
Анализируя таблицу, представленную выше, можно сказать, что взаимодействия с остатками сахара преимущественно неполярные,
а взаимодействия с остатками фосфорной кислоты в равной степени полярные и неполярные.
Также следует заметить, что подавляющее большинство взаимодействий с остатками азотистых оснований происходит со стороны большой бороздки.
Можно посмотреть скрипт с определением групп атомов.
Nucplot
PDF, полученный с помощью nucplot.
Часть этого pdf.
Большее всего взаимодействий с ДНК приходится на аргинин и аспаргин. Также эти два аминокислотных астатка чаще всего взаимодействуют с азотистыми основаниями, а не с остовом ДНК, из чего можно сделать вывод, что они играют важнейшую роль в распозновании ДНК.
Взаимодейсвие аргинина с гуанином.
Взаимодействие аспаргина с цитозином.