Редактирование хроматограммы и получение результирующей последовательности.

Результирующая последовательность в формате fasta
Выравнивание (jvp project)

Нечитаемые участки в forvard chain 5' 1-18 и 378 3'; в reverse chain 3' 357-383 и 1-3 5'.
В прямой цепи явно не хватает нуклеотидов в начале, то есть первый читаемый нуклеотид прямой цепи соответствует 49 обратной. Обратная ситуация с концом прямой цепи.
Хроматограмма прямой цепи достаточно хорошая, и спорные нуклеотиды появляются только в конце, уже после 300, но этого фрагмента нет в хроматограмме обратой цепи, поэтому точно установить последовательность нельзя. Качество хроматограммы обратной цепи несколько ниже.

На всех изображениях сверху прямая цепь, а снизу - обратная. В прямой цепи нуклеотиды, определенные просто как N, были заменены на a и g (исходя из того, что в хроматограмме обратной цепи они четко различимы).

Хроматограмма обратой цепи неооднозначная, сигналы на гуанин и аденин сильно пересекаются. Но зато этот же фрагмент в прямой цепи однозначен, поэтому была произведена замена.

Фрагмент плохой хроматограммы.

На изображении выше представлен фрагмент плохой хроматограммы (файл был взят из папки bad). Причиной могут быть либо пятна красителя, либо загрязнение обзазца другой ДНК.