Сборка генома не млекопитающего
Elysia chlorotica Восточная изумрудная элизияБрюхоногий моллюск. Первое, ставшее известным челокеву, животное, которое может осуществлять фотосинтез. Своих хлоропластов, очевидно, не имеет, поэтому получает их, употрябляя в пищу водоросль Vaucheria litorea. Интересно, что геном животного содержит гены, кодирующие белки, необходимые хлоропластам для фотосинтеза.
Источник раз (явно не первоисточник)
Источник два (тоже явно не первоисточник)
Была найдена одна сборка генома. Следовательно, она и лучшая.
| Assembly name | ElyChl2.0 |
| AC | GCA_003991915.1 |
| Assambly level | Scaffold |
| Total sequence length | 557,480,303 |
| Number of contigs | 41,686 |
| Contig N50 | 30,474 |
| Contig L50 | 4,983 |
| Number of scaffolds | 9,989 |
| Scaffold N50 | 441,954 |
| Scaffold L50 | 386 |
| Число аннотированных белков | 23871 |
Файл в формате fasta с последовательностью контига. Был найден при переходе к WGS, а затем во вкладку с контигам, где был список только из скаффолдов.
Геном прокариотического вируса
Поиск в NCBI Nucleotide по запросу "(Siphoviridae[Organism]) AND (60000:70000[sequence length]) AND (COMPLETE GENOME[All fields])" выдал 641 результат. При этом INSDC(GenBank) - 535 и RefSeq - 106.
| AC | NC_028831 |
| Латинское название вида | Escherichia phage slur01 |
| Taxonomy ID вида | 1720493 |
| Тип генома | DNA, linear |
| Хозяин вируса | Escherichia coli, бактерия |
Файл в формате fasta, содержащий фрагменты генома вируса, предположительно кодирующие белки. Как скачивался файл: Send to => Coding Sequences => FASTA Nucleotide => Create file.
Описание семи ключей, используемых в таблицах особенностей
Информация взята с http://www.insdc.org/documents/feature-table#3.2.4
| Ключ | Описание | Пример |
| C_region | Регион легких и тяжелых иммуноглобулиновых цепей; вкулючает в себя один или больше экзонов, в зависимости от конкретной цепи | MK088567.1 C_region 125..>180
/gene="TRB"
/allele="TRB-V7-6*01" |
| CDS | Кодирующая последовательность | CP007136.1 CDS 190..255
/gene="thrL"
/locus_tag="ECRM12581_0005"
/note="involved in threonine biosynthesis; controls the
expression of the thrLABC operon; label: thrL CDS; leader;
Amino acid biosynthesis: Threonine"
/codon_start=1
/transl_table=11
/product="thr operon leader peptide"
/protein_id="AHY68531.1"
/translation="MKRISTTITTTITITTGNGAG" |
| D-loop | Участок митохондриальной ДНК, в котором короткий участок РНК связан с одной из цепей ДНК, мешая ее связыванию с другой цепью | MN073932.1D-loop 1..525 |
| mat_peptide | Последовательность, кодирующая белок, в отличие от CDS без стоп кодона | MF346290.1 mat_peptide 147..1070
/product="P1 protein"
mat_peptide 1071..2444
/product="HC-Pro protein"
mat_peptide 2445..3494
/product="P3 protein" |
| misc_binding | Сайт в нуклеиновой кислоте, который подвержен ковалентному или нековалентному взаимодействию, при этом это взаимодействие не может быть описано никаким другим существующим ключом | EU382794.1 misc_binding 213..233
/bound_moiety="miR390" |
| polyA_site | Часть РНК, к которой будут присоединены аденины в ходе посттранскрипционной модификации | HQ328075.1 polyA_site 2195
/gene="Dila-TPN"
/allele="Dila-TPN*0103" |
| primer_bind | Сайт, с которым связывается праймер (нековалентно) для инициации репликации, транскрипции, обратной транскрипции и тд | MK770622.1primer_bind 1..21 |