При запуске BLAST я выбрал базу данных Swiss-Prot, в меню Algorithm parameters был выбран word size=2 для более для повышеняи чувствительности алгоритма.
Текстовая выдача BLAST

При помощи инструментов выравнивания на сайте UniprorKB было сделано множественное выравнивание 7 последовательностей белков, исходя из большого количества совпадающих участков можно сказать, что они гомологичны.
Проект в Jalview

ID: POLN_MAYAB

AC: Q8QZ73; Q8QHM4

Организм: Mayaro virus

Название белка: Protease nsP2

Координаты в полипротеине: 1335-1826

Cсылка на файл с последовательностью белка Protease nsP2

Текстовая выдача BLAST

Проект в Jalview

Для белка P1234 из организма Ross river virus E-value в первом случае равнялось 3e-158, а во втором — 1e-159. Значения различаются в 3 раза, значит, доля вирусных белков в базе данных составляет около 3,33%