Практикум 12

Функция: входит в суперсемейство купинов - белков с двойной функцией: деметилирование лизина в составе гистонов и гидроксилирование гистидина в составе рибосом.

Таксономическое распространение: чаще всего встречается в бактериальных белках, но есть и большое количество эукариотических белков с этим доменом.

Табл. 12-1

AC pfam PF08007
ID pfam JmjC_2
#SEED 26
#All 3912
#SW 33
#architectures 149
#3D 22
Taxonomy 9552
#eukaryota 1762
#archaea 2
#bacteria 7761

Табл. 12-2

Доменная ахитектура 1 PF08007 - PF21233 - PF21233
Белок с архитектурой 1 A0A1Z5LFM5_ORNMO
Доменная ахитектура 2 PF03645 - PF08007

Рис. 12-1. Карта локального сходства.

E-value: 7e-04

A0A1Z5LFM5_ORNMO (горизонтальная ось): JmjC_2(PF08007):71-199; RIOX1_C_WH(PF21233): 284-385;RIOX1_C_WH(PF21233): 401-527.

C5KT01_PERM5 (вертикальная ось): cd21455: 13-100; JmjC_2(PF08007): 265-369; EF-hand(PS50222): 420-455

Можно увидеть, что белки сходны далеко не на всей своей длине. Сходны только последовательности в области доменов JmjC_2, при этом есть крупная делеция в области 134-142 и 2 делеции поменьше в положении 147 и 157.