Практикум 9
Табл. 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
|
Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
|
Cyclic pyranopterin monophosphate synthase |
MOAC_ECOLI |
MOAC_BACSU |
386.5 |
48.3 |
63.2 |
17 |
4 |
|
Large-conductance mechanosensitive channel |
MSCL_ECOLI |
MSCL_BACSU |
344.5 |
53.2 |
68.3 |
12 |
4 |
|
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA |
MSRA_ECOLI |
MSRA_BACSU |
342.5 |
33.9 |
44.5 |
47 |
5 |
Табл. 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
|
Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
Coverage 1 |
Coverage 2 |
|
Cyclic pyranopterin monophosphate synthase |
MOAC_ECOLI |
MOAC_BACSU |
386.5 |
50.3 |
65.9 |
10 |
3 |
100% |
95,88% |
|
Large-conductance mechanosensitive channel |
MSCL_ECOLI |
MSCL_BACSU |
350.5 |
57.4 |
72.9 |
9 |
2 |
93,38% |
93,85% |
|
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA |
MSRA_ECOLI |
MSRA_BACSU |
353.5 |
44.6 |
57.2 |
7 |
2 |
76,42% |
92,09% |
Как видно из результатов глобального парного выравнивания, данные белки гомологичны, при это при локальном парном выравнии обнаруживается большее сходство, что говорит о сохранившихся консервативных участках во всех представленных белках.
Табл. 3. Результаты двух выравниваний.
| Type of alignment | Protein Name1 | Protein Name2 | ID1 | ID2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| global alignment | Beta-phosphoglucomutase | Translation initiation factor IF-2 | PGMB_ECOLI | IF2_BACSU | 21.5 | 6.1 | 10.9 | 571 | 12 | - | - |
| local alignment | Beta-phosphoglucomutase | Translation initiation factor IF-2 | PGMB_ECOLI | IF2_BACSU | 33.5 | 37.5 | 43.8 | 4 | 1 | 3.9% | 4.5% |
Результаты демонстрируют негомологичность двух белков, локальное выравнивание обанружило большее сходство, чем глобальное, хотя все сходства тут случайны.
По мнимонике MOAC (циклическая пираноптеринмонофосфатсинтаза) в UniProtKB было найдено 371 белок. Из них были отобраны белки MOAC_ECOLI, MOAC_BACSU, MOAC_SHEB5, MOAC_SHELP, MOAC_BRUA4, MOAC_CLOP1, MOAC_ROSS1.
Далее множественное выравнивание было произведено с помощью Muscle, после чего результат был загружен в программу Jalview, там же были раскрашены колонки выравнивания по проценту идентичности (Проект в Jalview). Представленные белки являются гомологичными, на выравнивании хорошо видно, что у всех шести белков имеются общие консервативные участки (например, крупный совпадающий участок представленный столбцом 110-135 на выравнивании).