Практикум 7

В окне расширенного поиска UniprotKB в строку "Taxonomy" я вставил название своей бактерии — Mycetocola zhujimingii, нашлось 2928 результатов.

Далее я решил сортировать белки по достоверности существования белка, чтобы выбрать те белки, чьё существование в клетке максимально достоверно. Запрос (organism_id:2079792) AND (existence:1) не дал ни одного результата, запрос (organism_id:2079792) AND (existence:2) дал только 1 результат: шаперон dnaK, но так как он был плохо аннотирован, я решил его не брать. Запрос (organism_id:2079792) AND (existence:3) дал 1242 результата, хоть эти белки только предпологались, но я решил выбирать среди них, потому что они были хорошо аннотированы. Можно сделать вывод, что почти все аннотации белков Mycetocola zhujimingii сделаны на основе полногеномного секвенирования (хотя на страничках белков это не особо и таят).

Среди них я хотел выделить те белки, которые были вручную проверены кураторами, поисковой запрос (organism_id:2079792) AND (reviewed:true) AND (existence:3) не дал ни одного результата, все аннотации белков данного данного организма сделаны автоматически.

Дальше я решил остановиться на белках Mycetocola zhujimingii, участвующих в глюконеогенезе, поисковой запрос (organism_id:2079792) AND (keyword:gluconeogenesis) AND (existence:3) дал 6 результатов.

Я решил выбрать белок фосфоенолпируваткарбоксикиназу[ГТФ], потому что он учасвует в хорошо известном метаболическом пути — глюконеогенезе.

Название: Фосфоенолпируваткарбоксикиназа[ГТФ].

Функция: Катализирует одну из реакций глюконеогенеза: превращение оксалоацетата в фосфоенолпируват (при этом использует ГТФ, а не АТФ).