Описание домена

Нейрогипофизарные гормоны образуют семейство структурно и функционально связанных пептидных гормонов. Например, у человека, окситоцин и вазопрессин. Они названы в честь места их выделения в кровь - нейрогипофиза.

Таблица Информация
AC pfam PF00184
ID pfam Neurohypophysial hormones,
C-terminal Domain
#SEED 43
#All 2 тыс.
#SW 50
#architectures 17
#3D 11
Taxonomy Кол-во
#eukaryota 2021
#archaea 0
#bacteria 0

Карта локального сходства

Карта лок. сходства
Рис.1 Карта лок. сходства (по горизонтали - A0A813YYR4, по вертикали - A0A813U6U9)

Порог E-value 0.5

Таблица 11-5 Информация
доменная архитектура 1 PF00005 - PF00184
Белок с архитектурой 1 A0A813YYR4
доменная архитектура 2 PF06472 - PF00005 - PF00184
Белок с архитектурой 2 A0A813U6U9

По карте можно заметить 3 кусочка выравнивания. Первый, самый большой, по Оy ~410-680 и по Ox ~0-215, потом произошла небольшая вставка/делеция, затем снова небольшой участок выравнивания ~680-690 по Oy и ~217-225 и очередная вставка/делеция чуть больше предыдущей. И наконец последний кусочек ~690-820 по Oy и ~232-362 по Ox.

При повышении порог E-value до 2 появляется небольшая дупликация, которая, вероятно, случайная, тк порог E-valuе очень высокий. При дальнейшем увеличении появляются еще разные дупликации. При понижении порога E-value картина остается такой же, что и при 0.5, что говорит о том, что 0.5 достоверен.

Порог евалью 10
Рис.2 Карта лок. сходства с порогом E-value 2

В целом E-value очень мало (близко к 0), это значит, что белки точно гомологичны.

hz