Я выбрала белок F1YXH4 (Signal recognition particle receptor FtsY).
При выборе белка я использовала расширенный поиск "advanced search" на UniProtKB. При поиске был добавлен критерий Organism [OC], чтобы найти белки, характерные конкретной бактерии Streptococcus parauberis.
Было найдено 5759 белков.
Этот белок я выбрала, потому он выполняет важную функцию для бактерии: помогает построить мембрану, а точнее благодаря нему, в мембране появляются белки. А так же мне понравилась его необычная (наверное) форма.
Название: Рецептор частицы распознавания сигнала FtsY
Функции: Это мембранный белок, являющийся рецептором частицы распознавания сигнала (SRP) в клетках. Его основная функция заключается в направлении и вставке белков в мембрану. FtsY играет ключевую роль в процессе транслокации белков через мембрану, связывается с SRP, которая в свою очередь связана с рибосомой, транслирующей белок с сигнальной последовательностью, взаимодействует с мембранным белком FtsН и тд. Комплекс SRP-рибосома-FtsY направляется к каналу в мембране, через который белок проникает в мембранное пространство SecYEG. FtsY важен для жизнедеятельности клетки, так как обеспечивает правильную локализацию значительной части белков.
В процессе выбора критериев поиска, меня зацепило описание функции данного белка. Если вкратце, то он способствует встраиванию белков в мембрану. В этом ему помогает Signal recognition particle (SRP) - комплекс белок-РНК, который распознает и направляет специфические белки в плазматич мембрану, а так же Ribosome-nascent chain (RNC) - рибосома, связанная с растущей полипептидной цепью (белком). В этом всем так же принимает участие GTP-binding - связыващее белки, регулирующие разные клеточные процессы, функционируют как переключатели активности белка.
Работая вместе, эти 3 комплекса участвуют в транспортировке белков к мембране.
Этот запрос просто дает нам понять, сколько объектов у нас есть в бактерии: 2144.
С помощью такого запроса я ищу такие белки в организме моей бактерии, у которых есть SRP. Кроме моего белка, там есть еще 2: F1YZU2 и F1YZU1.
Добавим еще один критерий поиска: RNC. Теперь осталось только 2 белка: мой (F1YXH4) и F1YZU2. Они работают как "курьер" и "адресат" и не могут друг без друга. Ffh распознает и связывает сигнальный пептид на растущей полипептидной цепи, а FtsY - мембраный рецептор, принимающий комплекс.
Добавляем еще один критерий, а именно ключевое слово GTP-binding (KW-0342), и видим, что все те же два белка из пункта 3 используют GTP. Если убрать критерий "ribosome-nascent chain" результат останется тем же.
При этом,если убрать критерии поиска "signal recognition particle" и "ribosome-nascent chain", то результатов поиска будет целых 22, но, прочитав описание функций различных белков из этого списка, можно заметить, что несмотря на присутсвие GTP, они выполняют совершенно разные функции. Так, например, белок F1Z1J3 контролирует клеточный цикл, а F1YYW0 нужен для нормального деления клеток и септации, что совершенно не связано с встраиванием белков в мембрану.