Цитозин был выбран на B-форме под номером DC'8
В сторону большой бороздки обращены атомы: C6, C5, C4, N4 (На рисунках ниже они изображены красным цветом)
В сторону малой бороздки обращены атомы: O2, N1, C2 (На рисунках ниже они изображены синим цветом)
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | ~28 | ~33,75 | ~43,5 |
| Число оснований на виток | ~11 | ~10 | ~12 |
| Ширина большой бороздки | ~5.3 (Измерено от фосфата шаг CG/CG, позиции 4–16) | ~11.4 (Измерено от фосфата шаг CG/CG, позиции 4–16) | 8.9-14.4 (Измерено от фосфата шаги CG/CG и GC/GC, позиции 4–6 ) |
| Ширина малой бороздки | ~10.9 (Измерено от фосфата шаг CG/CG, позиции 4–16) | ~5.9 (Измерено от фосфата шаг CG/CG, позиции 4–16) | ~4.0 (Измерено от фосфата шаги CG/CG и GC/GC, позиции 4–6) |
A-форма: малая бороздка широкая и мелкая, большая — узкая и глубокая. B-форма: наоборот, обе среднего размера. Z-форма: малая очень узкая и глубокая, большая практически не выражена — из-за чередования структурно разных шагов CpG/GpC остов идёт зигзагом.
Для задания была взята тРНК с PDB id: 1f7u
27 пар, 9 неканонических, 3 спирали - архитектура клеверного листа
Подавляющее большинство остатков обеих цепей имеет δ≈78-84° (C3'-эндо, A-подобная геометрия), что означает, что тяжи этой структуры больше всего похожи на А-форму
Но присутствуют и явные отклонения к B-подобной геометрии (δ≈140-148°) - Strand I остатки 7, 26, 27; Strand II остатки 13, 14, 26 — совпадают с позициями, граничащими с разрывами цепи между стеблями (см. Упр. 2) - структурная гибкость в местах стыковки стеблей клеверного листа
Helix #1 (остатки 1-7 и 66-72, 49-54 и 58-65), Helix #2 (38-44 и 26-32, 10-14 и 22-25).
P1-A72, U5-G68, t54-a58, P55-G17, A43-P27, A44-g26, C13-C22, A14-U8, A15-U48.
P55-G18, G15-C48, и отдельная пара G18-C56.
Картинка максимума:
Картинка минимума:
На картинке максимума кольца оснований (X955/G917) почти полностью накладываются друг на друга. На картинке минимума нижний кластер (G926/ C925/G910) плотно стекуется, а верхнее основание (A944) визуально отделено, связано только одной H-связью — прямая иллюстрация чисел выше.