1.Качественная сборка генома эукариотического организма Eublepharis macularius

Для задания был выбран Eublepharis macularius (пятнистый эублеофар).

Краткое описание Eublepharis macularius

Тип Хордовые

Класс Пресмыкающиеся

Отряд Чешуйчатые

Семейство Эублеофаровые

Род эублеофары

В отличие от других гекконов имеют подвижные веки, утолщенный хвост, служащий резервуаром для хранения жира и др пит в-в. Так же у них нет присосок на пальцах, как, например, у бананоедов. В связи с этим по деревьям они лазать не могут, но благодаря коготкам имеют возможность хорошо передвигаться по камням и песку.

Благодаря селекции, выведено множество цветовых морф. Самый распрастраненный окрас варьируется от соломенного до пудрого-розового. Бока светлые, почти белые, на верхней части головы, на губах, спине и хвосте разбросаны мелкие тёмно-коричневые пятна.

Ведут ночной и сумеречный образ жизни. В дневное время прячутся в укромных местах или норах, где влажность выше, чем в окружающей среде. Часто живут группами, состоящими из 1го самца и нескольких самок, но могут проживать и в одиночку. Самцы активно защищают свою территорию от других самцов.

Вид распрастранен на северо-западе Индии, в Пакистане, на юго-востоке Афганистана и на востоке Ирана.

2. Таблицы некоторых характеристик выбранной сборки

При поиске референсного генома были отмечены следующие параметры: сборка должна иметь аннотированные гены (хотя бы в одной версии - RefSeq или GenBank), качество сборки на уровне Chromosome и выше, а так же сборка должна быть помечена как референсная.

Пояснения к таблице:

• Для контигов: N50 = 80.1 Mb означает, что половина всего генома собрана в части с длиной 80.1 Mb или больше, L50 = 9 означает, что нужно 9 самых длинных частей, чтобы покрыть половину генома. Аналогично для скаффолдов.
• Хромосомный уровень сборки означает, что в сборке содержатся длинные, непрерывные участки ДНК, которые соответствуют целым хромосомам. Мало пробелов (N)
• В таблице представлен гаплоидный набор (19). Число скаффолдов в 3,95 раз больше (75), т.е. 19 скаффолдов удалось полностью идентифицировать, а 56 фрагментов могут быть повторами и пробелами или сликшом маленькие части, которые не удалось соединить с 19
• Число хромосом из таблицы (n=19) соответсвует кариотипу из литературы (2n = 38). N50 имеет достаточно высокий показатель (145,6). Это означает, что в последовательности много длинных контигов без множества пробелов. А показатель L50 имеет значение 6, что мало. Это значит что половина генома умещается всего в 6 контигах. Благодаря этим фактам можно сказать, что данная сборка хорошо отражает биологическую информацию о геноме выбранного организма, не смотря на то, что сборка не полностью завершена, тк в ней еще присутствует 56 неразмещенных скаффолдов.

3.Сборка генома, аннотация и предсказанные белковые последовательности выбранного организма

Аннотация генов есть в обеих базах данных, поэтому можно скачивать информацию из любой из них. Для выполнения задания я выбрала RefSeq.

4. Знакомство с поисковыми системами ENA и NCBI

NCBI

Для задания был выбран белок инсулин. С помощью Advanced Search и запроса insulin[Protein Name] получили записи.

Всего было найдено 253173 записей нуклеотидных баз данных посвящено генам и мРНК белков с словом "insulin" в названии.

Из них 176099 записей пренадлежат GenBank и 76821 пренадлежат RefSeq

Всего записей, описывающих последовательности человека 11770. Из них GenBank мРНК:4102 ,GenBank участки генома:4578 , RefSeq мРНК: 2476, RefSeq участки генома: 192

ENA

Записей, описывающих мРНК 7185 (tax_tree(9606) AND description="insulin" AND mol_type="mrna"), а генов белков человека 157 (tax_tree(9606) AND description="insulin" AND (mol_type="genomic dna" OR mol_type="genomic rna"))

NCBI показался мне более интуитивно понятным и удобным.