1. Выбор семейства доменов из Pfam для анализа
Выбор семейства доменов осуществлялся случайно, но с учетом рекомендаций в задании.
2. Описание семейства доменов
Название: Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain (N-концевой домен рецептора фактора, ингибирующий лейкемию)
ID: LIFR_N
AC: PF18207
Это N-концевой домен. Содержит консервативные диссульфидные связи между Cys-10 и Cys-20, Cys-37 и Cys-45.Этот домен
встречается в рецепторе фактора, который ингибирует лейкемию.
Full:198
Seed:33
Число доменных структур с этим доменом:6
Выбранные мной две достаточно представленные доменные архитектуры:
1)LIFR_N, LIFR_D2, fn3 (102 белка);
2)LIFR_N, LIFR_D2 (87 белков).
Есть две 3D структуры для LIFR_HUMAN и LIFR_MOUSE
Этот домен встречается только у хордовых
Дата создания HMM-профиля: февраль 2015
Число позиций: 79
3. Построение карты локального сходства двух белков с доменами семейства, но с разной доменной архитектурой
Выберем две последовательности для построения карты локального сходства:1)W5PJP4_SHEEP с доменами: LIFR_N, LIFR_D2, fn3; 2)M3WPH0_FELCA с доменами: LIFR_N, LIFR_D2
Судя по карте, эти последовательности сходны. Для достоверности я их проверил в Jalview:
Ссылка на JalviewК сожалению, другие доменные архитектуры белков представлены менее, чем 20-ю белками, поэтому я ограничился картой только для этих белков.
4. Выделение подгрупп на основании сходства
Для выделения подгрупп были использованы последовательности Seed из семейства Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain. Последовательности синей группы в отличие от других последовательностей имею в 69 колонке A, в 72 - N, в 75 - S. Красная группа в отличие от других в 21 колонке имеет S, в 86 - E. Красная и синяя группы имеют в 16 колонке S. Красная вместе с розовой и бежевой в отличие от синей имеют в 26 колонке G, в 54 - I. Также имеются консервативные участки для всех групп: 3, 5, 15, 17, 32, 44, 67, 82 колонки.
Проект Jalview5. Таблица со всеми белками Uniprot из семейства
Таблица с белками доступна по ссылке: Таблица с белками