В энзимологии пиридоксамин- пируваттрансаминаза представляет собой фермент , катализирующий химическую реакцию pyridoxamine + pyruvate = pyridoxal + L-alanine Этот фермент принадлежит к семейству трансфераз , в частности к трансаминазам , которые переносят азотистые группы. Систематическое название этого класса ферментов — пиридоксамин:пируватаминотрансфераза . Этот фермент также называют пиридоксамин-пировиноградной трансаминазой . Этот фермент участвует в метаболизме витамина B 6 .[1]
Белок был найден в организме Mesorhizobium japonicum (strain LMG 29417 / CECT 9101 / MAFF 303099) (Mesorhizobium loti (strain MAFF 303099)). Mesorhizobium japonicum представляет собой аэробную грамотрицательную палочковидную бактерию, которая образует круглые колонии и была выделена из корневых клубеньков Lotus japonicum.[2]
Был выбран протеом с идентификатором: UP000000552.Всего белков 7255 из них в Swiss-Prot 613. Если смотреть BUSCO, то 98,7% белков полные, а CPD близок к стандартному (high value).Был выбран он, тк содержит 1)наш белок, 2)не избыточный и не удаленный, 3)в пределах вида нет референсного протеома.
И (в качестве контрольного) протеом с идентификатором:UP000000625. Всего белков 4448 из них в Swiss-Prot 4400. Если смотреть BUSCO, то 100% белков полные, а CPD стандартный). - это референсный протеом бактерии Escherichia coli (strain K12). Был выбран он, тк из модельных организмов это единственная грамотрицательная бактерия (а в референсных протеомах рода Mesorhizobium все белки из TrEMBL, что меня насторожило.
Для скачивания протеомов я использовал команды ниже:
wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=%28%28proteome%3AUP000000625%29%29' -O UP000000625.swiss.gz
wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=%28%28proteome%3AUP000000552%29%29' -O UP000000552.swiss.gz
Для нахождения доли трансмембранных белков для моих протеомов я решил воспользоваться следующими поисковыми запросами:
(proteome:UP000000625) AND (keyword:KW-0812)
найдено 995 белков, следовательно доля у Escherichia coli (strain K12) -22%
(proteome:UP000000552) AND (keyword:KW-0812)
найдено 1340 белков, следовательно доля у Mesorhizobium japonicum - 18,5%.
То есть доля трансмембранных белков больше у Escherichia coli.
Для нахождения доли ферментов для моих протеомов я решил воспользоваться следующими поисковыми запросами:
ec:* AND proteome:UP000000552
Найдено 898 белков, следовательно доля у Mesorhizobium japonicum - 12,4%
ec:* AND proteome:UP000000625
Найдено 1696 белков, следовательно доля у Escherichia coli - 38%
в 2 раза больше ферментов у Escherichia coli.
Для нахождения доли оксидоредуктаз для моих протеомов я решил воспользоваться следующими поисковыми запросами:
ec:1* AND proteome:UP000000625
Найдено 313 белков, следовательно доля у Escherichia coli - 7%
ec:1* AND proteome:UP000000552
найдено 129 белков, следовательно доля у Mesorhizobium japonicum - 2%
Доля оксидоредуктаз значительно больше у Escherichia coli.
Ниже я привел команды в bash, которые я использовал для анализа.
zcat UP000000552.swiss.gz | seqret -filter 'swiss::stdin:*[1:1]' | grep -v "^>" | sort -u
В результате на выходе мы получили M, а это значит, что все белки протеома UP000000552 начинаются с метионина.
zcat UP000000625.swiss.gz | seqret -filter 'swiss::stdin:*[1:1]' | grep -v "^>" | sort -u
В результате на выходе мы получили M, а это значит, что все белки протеома UP000000625 начинаются с метионина.
[1]ссылка, по которой можно скачать PDF статью:Pyridoxamine-Pyruvate Transaminase. II. Characteristics of the Enzyme Publication Date:November 1, 1963 authors: Walter B. Dempsey and Esmond E. Snell
[2]pdf статья про фермент: Reaction of Pyridoxamine-Pyruvate Transaminase with Sulfhydryl Reagents authors: Motoji Fujioka, Esmond E. Snell