| Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
| Putative regulator AbrB |
ABRB_ECOLI |
ABRB_BACSU |
5.0 |
0.5% |
0.9% |
420 |
2 |
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
6PGD_ECOLI |
6PGD_BACSU |
1718.0 |
70.0% |
83.4% |
3 |
3 |
| 6-phosphogluconolactonase |
6PGL_ECOLI |
6PGL_BACSU |
304.5 |
25.3% |
42.0% |
62 |
7 |
Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
Coverage 1 |
Coverage 2 |
| Putative regulator AbrB |
ABRB_ECOLI |
ABRB_BACSU |
27.0 |
36.4% |
81.8% |
0 |
0 |
3,2% |
11,5% |
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
6PGD_ECOLI |
6PGD_BACSU |
1719.0 |
70,1% |
83.6% |
3 |
3 |
99,8% |
99,8% |
| 6-phosphogluconolactonase |
6PGL_ECOLI |
6PGL_BACSU |
317.0 |
30.6% |
48.7% |
16 |
6 |
81,1% |
75,1% |
Локальное парное выравнивание гомологичных белков
| Выравнивание |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
Coverage 1 |
Coverage 2 |
| needle |
6PGD_ECOLI |
ABRB_BACSU |
26.5 |
4.3% |
8.8% |
372 |
5 |
100% |
100% |
| water |
6PGD_ECOLI |
ABRB_BACSU |
35.5 |
18,4% |
34,0% |
26 |
3 |
22,0% |
80,2% |
Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
а)Для мнемоники функции 6PGL (6-phosphogluconolactonase) я нашел все белки в Swiss-Prot. Всего их нашлось 107. Я выбрал из них белки организмов (помимо ECOLI и BACSU):HUMAN(Homo sapiens (Human)), BOVIN(Bos taurus), RAT(Rattus norvegicus), CAEEL(Caenorhabditis elegans), MOUSE(Mus musculus). б)множественное muscle в)файл с проектом Jalview г)Белки млекопитающих выровнялись очень хорошо, хуже Caenorhabditis elegans и белки бактерий.Белки млекопитающих похожи почти по всей длине и явно гомологичны.От 226 до 339 белки млекопитающих похожи на белок Caenorhabditis elegans.Белки бактерий похожи на остальные на промежутке от 103 до 208 остатка(в целом это наиболее консервативный промежуток).Я думаю, что эти белки гомологичны.