Задание 2
При рассмотрении модели на основе экспериментальных данных (PDB:1bna) в программе Jmol
получены следующие результаты для тимина в позиции 7:
В сторону малой бороздки (на рис. 1 окрашены синим) смотрят атомы:
[DT]7:A.C2, [DT]7:A.O2
В сторону большой бороздки (на рис. 1 окрашены красным) смотрят атомы:
[DT]7:A.C4, [DT]7:A.C5, [DT]7:A.C7, [DT]7:A.O4
Остальные атомы ([DT]7:A.C6, [DT]7:A.N1, [DT]7:A.N3) не смотрят ни в одну бороздку, скорее лежат на оси водородных связей.
| A-форма (PDB:3v9d) |
B-форма (PDB:1bna) |
Z-форма (gatc-z.pdb) | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 29.6 | 30.9 | 43.3 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 13.26 ([DG]5:A.P - [DC]3:A.P ) |
16.72 ([DA]5:A.P – [DG]16:B.P) |
7.20 ([DG]35:B.P – [DG]9:A.P) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 16.69 ([DG]6:A.P – [DG]13:B.P) |
11.98 ([DC]21:B.P - [DC]9:A.P) |
14.52 ([DC]34:B.P – [DC]10:A.P) |
Задание 3
В файле 1il2.pdb содержится 2 идентичные последовательности тРНК, нумерация нуклеотидов которых начинается не с 1, а с 901 и 1902. тРНК, нумерация нуклеотидов которой начинается с 901 я буду называть "первой". тРНК, нумерация нуклеотидов которой начинается с 1901 я буду называть "второй".
Координаты стеблей:
| Участок структуры | Позиции в структуре "первой" тРНК | Позиции в структуре "второй" тРНК |
|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 901..907 - 972..966 | 1902..1907 - 1971..1966 |
| D-стебель | 910..913 - 925..922 | 1910..1913 - 1925..1922 |
| T-стебель | 949..953 - 965..961 | 1949..1953 - 1965..1961 |
| Антикодоновый стебель | 938..944 - 932..926 | 1938..1944 - 1932..1926 |
Неканонические пары:
"Первой" тРНК:
905_:[..U]U-*---G[..G]:.968
954_:[5MU]t-**--A[..A]:.958
955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917
938_:[..C]C-**--P[PSU]:.932
940_:[..U]U-*---G[..G]:.930
944_:[..A]A-**--G[..G]:.926
910_:[..G]G-*---U[..U]:.925
913_:[PSU]P-*---G[..G]:.922
908_:[..U]U-**--A[..A]:.946
914_:[..A]A-**--A[..A]:.921
915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948
916_:[H2U]u-**+-U[..U]:.959
"Второй" тРНК:
1905_:[..U]U-*---G[..G]:1968
1954_:[5MU]t-**--A[..A]:1958
1955_:[PSU]P-**+-G[..G]:1917
1938_:[..C]C-**--P[PSU]:1932
1940_:[..U]U-**--G[..G]:1930
1944_:[..A]A-**--G[..G]:1926
1910_:[..G]G-*---U[..U]:1925
1913_:[PSU]P-*---G[..G]:1922
1908_:[..U]U-**--A[..A]:1946
1914_:[..A]A-**--A[..A]:1921
1915_:[..A]A-**+-U[..U]:1948
1916_:[H2U]u-**+-U[..U]:1959
Стабилизирующие водородные связи:
"Первой" тРНК:
954_:[5MU]t-**--A[..A]:.958
955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917
908_:[..U]U-**--A[..A]:.946
914_:[..A]A-**--A[..A]:.921
915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948
916_:[H2U]u-**+-U[..U]:.959
918_:[..G]G-----C[..C]:.956
"Второй" тРНК:
1954_:[5MU]t-**--A[..A]:1958
1955_:[PSU]P-**+-G[..G]:1917
1908_:[..U]U-**--A[..A]:1946
1914_:[..A]A-**--A[..A]:1921
1915_:[..A]A-**+-U[..U]:1948
1916_:[H2U]u-**+-U[..U]:1959
1918_:[..G]G-----C[..C]:1956