Задание 1
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 901..907 - 972..966 | 1..7 - 71..65 | 1..8 - 71..63 |
| D-стебель | 910..913 - 925..922 | — | — |
| T-стебель | 949..953 - 965..961 | — | 48..51 - 62..59 |
| Антикодоновый стебель | 938..944 - 932..926 | — | 28..31 - 40..37 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 18 | 6 | 19 |
Важно отметить, что в файле 1il2.pdb содержится 2 идентичные последовательности тРНК, нумерация нуклеотидов которых начинается не с 1, а с 901 и 1902. Для удобства была взята одна тРНК. Ещё хочу отметить то, что структура тРНК, полученная по по алгоритму Зукера не содержит D-стебель.
Задание 2
скрипт к упр. 2
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 2 | 10 | 12 |
| остатками фосфорной кислоты | 10 | 4 | 14 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 6 | 12 | 18 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Остатки фосфорной кислоты содержат относительно много полярных атомов (кислорода), обращенных наружу, поэтому образуют много полярных контактов. Полярные атомы остатков 2'-дезоксирибозы и азотистых оснований уже расположены "глубже", поэтому образуют меньше полярных контактов. Остатки азотистых оснований, как видно, образуют контакты только со стороны большой бороздки. Это показывает, что специфичное связывание белка с какой-либо определенной последовательностью ДНК обусловлено образованием контактов между азотистыми основаниями и аминокислотными остатками именно в большой бороздке.
схему ДНК-белковых контактов
Использованная команда: nucplot 1ODH_old.pdb
Полученная картинка показывает, что аминокислотные остатки образуют контакты именно с теми нуклеотидами, у которых торсионные углы наиболее значительно отличаются от средних (пример — 4-я пара нуклеотидов).
Наибольшее число контактов между аминокислотным остатком и ДНК, согласно схеме, — 2. Это остатки His55, Asn65 и Lys74, однако один из контактов His55 и Lys74 образуют через молекулу воды, тогда как Asn65 образует оба контакта непосредственно с ДНК. Поэтому аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК — Asn65.
Упр.4
По моему мнению, контакты остатка Asn65 являются наиболее важными для распознавания последовательности ДНК, так как этот остаток образует 3 явные водородные связи с двумя азотистыми основаниями (причем они принадлежат двум нуклеотидам разных цепей, не являющимся комплементарной парой, т.е. Asn65 распознает сразу две соседние пары оснований).
