Я выбрал Серую крысу(Rattus norvegicus), потому что это одна из популярных животных моделей в лабораторной практике, а также это один из наиболее крупных и умных представителей семейства.У Rattus norvegicus 21 пар хромосом, при этом элементов в сборке генома 23 (20 аутосом, X и Y половые хромосомы и митохондриальная ДНК).
Мой поисковый запрос: "Rattus norvegicus".
По нему было найдено 13 сборок.
Я выбрал референсную сборку (GCA_015227675.2), то есть такую, которую вручную сотрудники NCBI выбрали как высококачественную и лучшую из всех представленных.
Эта сборка имеет уровень хромосомной (в этой сборке присутствует последовательность одной или более хромосом, при том что в этой последовательности могут быть пробелы).
| Идентификатор GenBank | GCA_015227675.2 |
| Идентификатор RefSeq | GCF_015227675.2 |
| Общий размер генома | 2.6 Gb |
| N50 для контигов (*) | 29.2 Mb |
| L50 для контигов (**) | 27 |
| N50 для скэффолдов | 135 Mb |
| L50 для скэффолдов | 8 |
N50 - это длина самого маленького контига / скэффолда в сумме из минимального числа контигов / скэффолдов для получения суммарной длины не менее 50% длины всей сборки (то есть в сумме самых больших контигов / скэффолдов)
L50 - это минимальное количество контигов (скэффолдов), которые при суммировании их длин дают число, большее или равное половине длины сборки
Необходимые файлы я скачал через NCBI FTP.