Филогенетические деревья, продолжение...

Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа


Задача: провести бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям моего дерева.
Этапы работы:
Программой fseqboot было создано 100 бутстреп-реплик выравнивания:
fseqboot 1.fasta -auto
На выходе получили файл в файл с расширением .fseqboot
Полученные 100 выравниваний были поданы на вход программе fdnaml.
fdnaml ali.fseqboot -ttratio 1 -auto
Была запущена программа fconsense, на вход программе были поданы 100 скобочных формул из файла 1.treefile, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний.
В выходной файл были помещены результаты бутстреп-анализа.
Т.е. в результате сей операции 100 скобочных формул заменились на одну консенсусную, то есть ту, которая состоит только из ветвей, присутствующих во всех деревьях. 
CONSENSUS TREE:
  +---------------------------C
  |
  |             +-------------D
  |      +-94.0-|
  |      |      |      +------F
  |      |      +100.0-|
  +------|             +------E
         |
         |             +------B
         +--------94.0-|
                       +------A

Species in order: 

  1. C
  2. D
  3. F
  4. E
  5. B
  6. A


Sets included in the consensus tree

Set (species in order)     How many times out of  100.00

..**..                     100.00
.***..                     94.00
....**                     94.00


Sets NOT included in consensus tree:

Set (species in order)     How many times out of  100.00

.***.*                      6.00
..**.*                      4.00
.*..**                      2.00
Бутстреп-значения внутренних ветвей как мы видим достаточно высоки, это лишний раз подчеркивает достаточно большую достоверность полученного дерева.
Также мы можем заметить из каких ветвей сотоит конснсенсусное дерево, а какие ветви не вошли в него.

Изображение филогенетического дерева в графическом формате

Скобочную формула заданного ("реального") дерева была помещена в отдельный файл, и затем подана на вход программе fdrawtree. Результат можно увидеть ниже:

На данном рисунке мы видим изображение моего неукорененного дерева.
Что же касается разбиений ветвей, то они совпадают с исходным деревом.
На главную
На страницу четвертого семестра
©Вахрушева Анна Алексеевна